הלכות הטומאה והטהרה מבחינות באופן מהותי בין חומרים שונים, כאשר כלי העשוי מחרס נידון במערכת כללים ייחודית ושונה לחלוטין משאר הכלים. בעוד שכלים אחרים נטמאים במגע חיצוני וניתנים לטהרה במים, כלי החרס רגיש לטומאה החודרת לחללו, ומרגע שנטמא – תיקונו היחיד הוא כליונו.
המונח כלי חרש מתייחס לכלים העשויים מאדמה ועברו שריפה בכבשן, שכן ללא שריפה הם נחשבים "כלי אדמה" ואינם מקבלים טומאה כלל [הכתב והקבלה, רש"ר הירש, פירושי רד"צ הופמן]. ההגדרה המורחבת כוללת גם שברי כלים, כל עוד הם עדיין ראויים לשימוש מסוים ללא צורך בתמיכה [תורה תמימה, מלבי"ם, אדרת אליהו], וכן כלים גדולים בעלי מידות כגון שידה, תיבה ומגדל [תורה תמימה, מלבי"ם]. תנאי בסיסי לקבלת טומאה בכלי חרס הוא קיומו של חלל פנימי הראוי לקיבול, ולכן כלים שטוחים, המכונים "פשוטי כלי חרס", אינם מקבלים טומאה [תורה תמימה, רלב"ג, רש"ר הירש, פירושי רד"צ הופמן].
המילים אשר יפל מהם מצביעות על נפילה של אחד מן השרצים [אבן עזרא, חזקוני]. הפרשנים מדייקים מניסוח זה כי על השרץ ליפול כשהוא עומד בפני עצמו. לכן, אם עוף בלע שרץ חי ונפל לתוך תנור חרס, התנור נותר טהור משום שהשרץ עתיד להתעכל ובטל לגבי העוף (הנפילה מיוחסת לעוף ולא לשרץ). אך אם העוף מת, השרץ אינו בטל במעיו והתנור נטמא [תורה תמימה, מלבי"ם, אדרת אליהו].
ייחודו של כלי החרס מודגש במילים אל תוכו. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שכלי חרס אינו נטמא ממגע בצידו החיצוני (גבו), אלא אך ורק כאשר הטומאה נכנסת לחללו הפנימי (אוירו). יתרה מכך, השרץ אינו חייב לגעת בדפנות הכלי; עצם הימצאותו באוויר הכלי מטמאת אותו. הסיבה להקלה זו, לפיה הכלי אינו נטמא מגבו, מוסברת בכך שהתורה חסה על ממונו של אדם: מכיוון שכלי חרס שנטמא אין לו תקנה אלא שבירה, אילו היה נטמא גם ממגע חיצוני, היה נפסד תדיר [ריב"א, חזקוני]. עם זאת, מרגע שהכלי נטמא מתוכו, גם גבו הופך לטמא [רש"ר הירש, פירושי רד"צ הופמן]. מילת הקישור "תוך" מצביעה על חלל המוקף משלושה כיוונים, בניגוד למילה "קרב" [מלבי"ם]. מתוך כך נלמד כי הטומאה חלה רק כאשר היא ב"תוכו" המיידי של הכלי, ולא ב"תוך תוכו". כלומר, אם השרץ נפל לתוך קדירה המונחת בתוך תנור חרס, התנור עצמו נשאר טהור [מזרחי, תורה תמימה, רלב"ג, מלבי"ם, אדרת אליהו]. אולם, אם הכלי הפנימי ניקב, הוא מאבד את תורת הכלי שבו, הופך למחיצה בעלמא, ואינו חוצץ בפני הטומאה [תורה תמימה, מלבי"ם, אדרת אליהו].
לאחר שהכלי נטמא מאווירו, הוא הופך למקור טומאה (ראשון לטומאה) ומטמא את תכולתו, כפי שנאמר כל אשר בתוכו יטמא. הפרשנים מסכימים כי הכלי עצמו הוא שמטמא את המזון, והופך אותו ל"שני לטומאה", ולא השרץ באופן ישיר. העברת הטומאה מהכלי למזון נעשית גם היא דרך האוויר וללא מגע. הוכחה לכך היא שאפילו אם הכלי מלא בגרגרי חרדל, גם הגרגרים האמצעיים שאינם נוגעים בדפנות הכלי נטמאים כולם בבת אחת [מזרחי, תורה תמימה, שפתי חכמים, רש"ר הירש, גור אריה]. עם זאת, אוויר כלי החרס מטמא רק אוכלים ומשקים הנמצאים בתוכו, אך אינו מטמא כלים אחרים [מזרחי, תורה תמימה, רלב"ג, רש"ר הירש, פירושי רד"צ הופמן]. רבי עקיבא מדייק מהפועל יטמא, הכתוב בלשון פעיל (מטמא אחרים) ולא בלשון תואר (טמא), כי המזון שנטמא מסוגל להעביר את הטומאה הלאה ולעשות מזון אחר ל"שלישי לטומאה" [תורה תמימה, מלבי"ם, אדרת אליהו].
לבסוף, הכתוב קובע ואתו תשברו. בניגוד לשאר הכלים הניתנים לטהרה בטבילה במקווה, כלי חרס שנטמא נותר בטומאתו, וטהרתו היחידה היא שבירתו עד שלא יהיה ראוי למלאכתו הראשונה (לדוגמה, נקב שדרכו נופלים זיתים או נוזלים) [רש"י, מזרחי, שפתי חכמים, רלב"ג, ביאור יש"ר, רש"ר הירש, שטיינזלץ, פירושי רד"צ הופמן, העמק דבר, אדרת אליהו]. טעם הדבר הוא שכלי החרס שואב ובולע את הטומאה באופן מוחלט, ומאחר שדמיו קלים, שבירתו אינה כרוכה בחסרון כיס משמעותי [חזקוני]. מנקודת מבט רעיונית, כשם שכלי החרס, שמקורו באדמה ועיקר חשיבותו בחללו הפנימי, מטהר רק בשבירתו, כך גם האדם שיסודו מעפר – טהרתו באה על ידי לב נשבר ונדכה [פרדס יוסף], או על ידי המיתה המכפרת ומטהרת אותו כליל [פענח רזא].