התורה מציגה את בעלי החיים האסורים למאכל בשל היותם בעלי סימן טהרה אחד בלבד, תוך פירוט המאפיינים הפיזיולוגיים המונעים מהם להיות כשרים. מתוך כך, עולה נידון נרחב בקרב הפרשנים לגבי זיהויו המדויק של בעל החיים המוזכר, וכן לגבי ההתאמה בין תיאורו בפסוק לבין המציאות הזואולוגית המוכרת.
הזיהוי המקובל למילה השפן קשור למקום חיותו. הפרשנים מציינים כי זהו בעל חיים השוכן בנקיקי סלעים ובחורי האדמה, וייתכן ששמו נגזר מהשורש צ.פ.ן, משום שהוא נצפן ונסתר בתוך הסלעים [שד"ל, רד"צ הופמן, ביאור שטיינזלץ]. באשר לזיהויו המדויק, קיימות מספר גישות. גישה אחת, המקובלת על מתרגמים ופרשני ימי הביניים, מזהה אותו עם הארנב, אשר נוהג לדלג ולחפור מחילות עפר [שד"ל, רד"צ הופמן]. מנגד, על פי מסורת רב סעדיה גאון, עמה מסכימים חוקרים מאוחרים, מדובר ב"שפן הסלעים" (הקרוי בערבית "ובר"). לבעל חיים זה יש מבנה אצבעות ייחודי וכפות רגליים סדוקות, והוא בונה את ביתו בסלעים קשים בעורמה, שכן אין לו כוח פיזי לנקוב חורים בסלע [רד"צ הופמן]. דעה נוספת מעלה את האפשרות שמדובר בכלל בבעל חיים שנכחד מן העולם [חומש קה"ת].
הגדרתו של השפן כמעלה גרה (כאשר האות גימ"ל במילה גרה מבוטאת באופן רפה, ללא דגש [מנחת שי]) מעוררת קושי, שכן מבחינה ביולוגית השפן והארנב אינם נחשבים למעלי גרה קלאסיים ואין להם ארבע קיבות [רש"ר הירש, ביאור שטיינזלץ]. כדי ליישב זאת, הפרשנים מסבירים כי הגדרת התורה רחבה יותר. יש המבארים כי השפן נראה למסתכל כמעלה גרה, בשל תנועות הלעיסה הצדדיות שלו הנמשכות גם כשאינו אוכל [ביאור שטיינזלץ, חומש קה"ת]. אחרים מצביעים על דמיון מהותי במערכת העיכול: זמן העיכול, היכולת לעכל סיבים, ואף תהליכים של העלאת מזון ועיכולו מחדש, מספיקים כדי לכלול בעלי חיים אלו תחת ההגדרה התורנית של העלאת גרה [חומש קה"ת]. זאת ועוד, יש שציינו כי גם חוקרי טבע קדומים סיווגו בעבר חיות אלו כמעלות גרה [שד"ל].
ביחס לסימן הטומאה, ופרסה לא יפריס, המציאות היא שאמנם יש לשפן מעין פרסות קטנות בקצות אצבעותיו, אך אין לו פרסה אחת שלמה המאגדת כמה אצבעות, ולכן הוא אינו נחשב לבעל פרסה כלל [ביאור שטיינזלץ, רש"ר הירש]. הפרשנים מדייקים בלשון הפסוק ובוחנים מדוע התורה השתמשה כאן בפועל בלשון עתיד (יפריס), בשונה מהגמל שנכתב עליו בלשון הווה ("מפריס") והארנבת בלשון עבר ("הפריסה"). ההסבר הוא שהשינוי הדקדוקי משקף את ההבדלים במבנה האצבעות של החיות הללו [רש"ר הירש]. השימוש בלשון עתיד אצל השפן בא למנוע טעות הבנה: שמא יחשוב האדם שהשפן נולד ללא פרסה אך יצמיח אותה לאחר כמה ימים, באה התורה ומדגישה שהוא גם לא יפריס בעתיד לעולם [ביאור יש"ר].