מעבר התורה לדיני בעלי החיים הימיים מלווה בשינוי גישה. בניגוד לעופות, המזוהים לרוב לפי מינים ספציפיים, או לחיות היבשה, לדגים אין שמות פרטיים בלשון הקודש [חומת אנך]. לכן, מכיוון שלא ניתן היה למנותם בשמותיהם, התורה מספקת סימנים פיזיולוגיים ברורים כדי להבדיל בין המותר לאסור [רלב"ג].
הסימנים הנדרשים הם סְנַפִּיר, אלו הם האיברים שבעזרתם הדג שט במים [רש"י, רמב"ן, ביאור יש"ר], ויש הסבורים שהמילה נגזרת משורש המבטא תוספת או ענף המחובר לגוף [רש"ר הירש]. הסימן השני הוא קַשְׂקֶשֶׂת, שהיא המעטה הקבוע על גוף הדג [רש"י]. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שלא כל שריון או חיפוי קשיח נחשב לקשקשת. כדי שהדג יהיה טהור, הקשקשים חייבים להיות ניתנים לקילוף והפרדה מעור הדג, בין אם ביד ובין אם בעזרת כלי, בדומה לגזיזת ציפורניים או לקשקשים המרכיבים שריון צבאי [רמב"ן, רש"ר הירש, רד"צ הופמן, תורה תמימה]. דרישה זו מוציאה מכלל היתר יצורים דו-חיים בעלי שריון שאינו מתקלף [רד"צ הופמן], אך מכשירה דגים שקשקשיהם נושרים באופן טבעי בעת הוצאתם מהמים [שטיינזלץ].
חז"ל קבעו כלל ביולוגי לפיו "כל שיש לו קשקשת יש לו סנפיר", ולכן למעשה די במציאת קשקשים כדי לאשר את טהרת הדג. אם כן, עולה השאלה מדוע התורה דרשה במפורש גם סנפיר. יש המבארים שהדבר נועד להגדיל את התורה ולהאדירה, ולנסח את ההלכה באופן הברור ביותר שאינו מותיר מקום לספק [תורה תמימה]. מנגד, יש הטוענים כי למרות שדרך התורה לדבר על הרוב המוחלט, ייתכנו בטבע מיני דגים נדירים בעלי קשקשים החסרים סנפירים. כדי למנוע אכילת מינים חריגים אלו, התורה חרגה ממנהגה לקצר ופירטה את שני הסימנים גם יחד [הכתב והקבלה].
הסיבה לדרישת סימנים אלו קשורה, לפי חלק מהפרשנים, לסביבת הגידול ולהשפעתה הבריאותית. דגים בעלי סנפיר וקשקשת חיים לרוב בשכבות העליונות והצלולות של המים. הם נהנים מהאוויר ומהשמש, ולכן גופם מפתח חום טבעי הדוחה לחות עודפת. לעומתם, יצורים חסרי סימנים אלו שוכנים לרוב בקרקעית העכורה והבוצית. גופם קר, לח וחסר חום, ואכילתם נחשבת כמכניסה לגוף האדם לחות קרה ומזיקה [רמב"ן, רבנו בחיי, צאינה וראינה].
התורה מפרטת את סביבת המחיה הנדרשת: בַּיַּמִּים מתייחס למקווי המים הגדולים והמלוחים שנוצרו בבריאה, ובַנְּחָלִים מתייחס למים מתוקים וזורמים [רלב"ג, ביאור יש"ר]. עם זאת, הכפילות של המילה בַּמַּיִם בתחילת הפסוק ובאמצעה אינה מקרית. הפרשנים מסבירים כי התורה משתמשת כאן במבנה תחבירי של כלל ופרט כדי ללמד שדרישת הסנפיר והקשקשת חלה רק על מקווי מים טבעיים הנמצאים על גבי הקרקע ונובעים או זורמים. לעומת זאת, מים הנאגרים בכלים מלאכותיים, או בבורות ומערות סגורות, אינם נכללים באיסור זה במלואו. המשמעות ההלכתית היא שמותר לשתות מים מכלים אלו ללא חשש מבליעת יצורים זעירים חסרי סנפיר וקשקשת שגדלו בתוכם, כל עוד יצורים אלו לא פירשו ויצאו מחוץ למים [תורה תמימה, מלבי"ם, רש"ר הירש, רד"צ הופמן]. כמו כן, המילה "במים" מדגישה שההיתר לאכול את בעל החיים תקף רק כאשר הוא ניצוד בתוך המים; אם היצור יצא בכוחות עצמו אל היבשה, הוא נחשב ל"שרץ הארץ" ונאסר באכילה [העמק דבר].
חזרת הפסוק על ההוראה אֹתָם תֹּאכֵלוּ באה ללמד הלכות תערובות. היא מתירה לאכול דג טהור שנמצא שלם בתוך מעיו של דג טמא שבלע אותו, או דג טהור שנכבש יחד עם דגים טמאים, כל עוד הוא לא נימוק ונמס לתוכם. המילה "אותם" מדגישה שרק הדג הטהור עצמו מותר, תוך הרחקת כל חלק מהטמא [תורה תמימה, מלבי"ם, צפנת פענח].
ברובד הרעיוני והסמלי, המים משולים לתורה. תלמיד חכם השוחה בים התלמוד נדרש להיות בעל "סנפיר" ו"קשקשת" לא רק בעל יכולת ניווט אינטלקטואלית, אלא גם עטוף בשריון של מעשים טובים ויראת שמים. אדם הלומד תורה ממי שחסר את המידות הללו, לומד תורה שהיא מן השפה ולחוץ ואינה מביאה לידי מעשה [שפתי כהן].