מים הם מקור הטהרה, אך מעמדם משתנה בהתאם למצבם בטבע. בעוד שמים הנמצאים בתוך כלים מקבלים טומאה, מים המחוברים לקרקע שומרים על טהרתם ואף ניחנים בכוח לטהר את הטמאים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא כי המילים אַךְ מַעְיָן וּבוֹר מִקְוֵה מַיִם באות להנגיד את המים הללו לנוזלים שבתוך כלים, שהוזכרו קודם לכן.
הפרשנים עומדים על ההבדלים בין סוגי המים המוזכרים: מַעְיָן מציין מים חיים הנובעים ממקור תת קרקעי וזורמים החוצה, בעוד וּבוֹר הוא חלל חפור בידי אדם או שקע טבעי שבו נקווים מים עומדים, כדוגמת מי גשמים. הצירוף מִקְוֵה מַיִם מתייחס למקום שבו המים נאספים יחד, ונועד להדגיש שמדובר במים בלבד ולא בנוזלים אחרים או בדם [אבן עזרא, ביאור יש"ר, מלבי"ם, הירש, הופמן, תורה תמימה].
לביטוי יִהְיֶה טָהוֹר ישנה משמעות כפולה עליה מסכימים רוב הפרשנים. ראשית, בניגוד למים שאובים, מים המחוברים לקרקע אינם מקבלים טומאה כלל, גם אם נופל לתוכם שרץ טמא. שנית, מים אלו לא רק שומרים על טהרת עצמם, אלא הם גם מטהרים את מי שטובל בהם. פרשנים רבים מדגישים כי אילו כוונת הכתוב הייתה רק שהמים אינם נטמאים, היה עליו לכתוב "לא יטמא", ומכאן שהמילה "טהור" מלמדת על כוחם הפעיל של המים לטהר [רש"י, מזרחי, גור אריה, דברי דוד, שפתי חכמים, הירש, הופמן].
מתוך הגדרות אלו נלמדים עקרונות היסוד של הלכות מקוואות. המים המטהרים חייבים להיות מחוברים לקרקע ולא שאובים בכלי, וכן תהליך התהוות המקווה חייב להיעשות בטהרה, ללא שימוש בכלים המקבלים טומאה. כמו כן, קיים הבדל הלכתי בין סוגי המקורות: בעוד שמעיין מטהר גם כשהמים זורמים ובכל כמות שהיא, מי בור ומקווה מטהרים רק כשהמים עומדים במקומם ללא זרימה ובכמות מוגדרת מראש [תורה תמימה, מלבי"ם, הירש, הופמן, העמק דבר].
חלקו השני של הפסוק, וְנֹגֵעַ בְּנִבְלָתָם יִטְמָא, מציג מצב מורכב: אדם או חפץ הנמצאים בתוך המים הטהורים ונוגעים שם בשרץ מת. רוב הפרשנים מסבירים כי על אף שהמים עצמם נשארים טהורים, מי שנוגע בטומאה בתוכם נטמא. תוספת זו באה למנוע היקש הגיוני שגוי לפיו אם המקווה מסוגל לטהר אדם טמא, קל וחומר שהוא יוכל להגן על אדם טהור מפני קבלת טומאה. הכתוב מדגיש שהמים אינם משמשים כחומת מגן מפני מגע ישיר עם הטומאה [רש"י, מזרחי, שד"ל, גור אריה, מלבי"ם, שטיינזלץ]. מנגד, יש המפרשים כי צירוף זה בא ללמד הלכה ספציפית הנוגעת לשרצים, ולפיה הם מטמאים אך ורק על ידי מגע ישיר בהם, ולא על ידי נשיאתם [רמב"ן, רלב"ג, אדרת אליהו].