ויקרא, פרק ט״ז, פסוק ט״ז

נוכחות ה' בישראל דורשת מרחב טהור, ולכן עבודת יום הכיפורים נועדה להגן על המקדש, וכך הכהן וְכִפֶּר עַל הַקֹּדֶשׁ מן המשקעים שהותירו חטאי העם. כפרה זו מתמקדת בטומאת המקדש וקודשיו על רבדיה השונים: עבירות שנעשו בשגגה המכונות מִטֻּמְאֹת, עבירות שנעשו במזיד ומתוך מרד המכונות וּמִפִּשְׁעֵיהֶם, וכן חטאים שאדם שכח ואינו מודע אליהם ולכן אינו יכול להביא עליהם קרבן אישי, הכלולים בביטוי לְכָל חַטֹּאתָם. כדי להשלים את הטיהור, הכהן נדרש להזות את הדם בהיכל מחוץ לפרוכת בדיוק כפי שהזה בקודש הקודשים, פעולה שעליה נאמר וְכֵן יַעֲשֶׂה לְאֹהֶל מוֹעֵד. בסופו של תהליך מתברר כי ה', הַשֹּׁכֵן אִתָּם בְּתוֹךְ טֻמְאֹתָם, אינו מסתלק מישראל אלא ממשיך לשרות בתוכם גם כאשר הם נגועים בטומאה.