ויקרא, פרק ט״ז, פסוק ל״ג

תהליך הטהרה של יום הכיפורים מבוצע בשלבים מוגדרים, החל מליבת המשכן, כאשר הכהן וְכִפֶּר אֶת מִקְדַּשׁ הַקֹּדֶשׁ, שהוא קודש הקודשים, כדי לכפר על טומאה שדבקה בו או על הסתלקות השכינה בעקבות חטאי העם. משם עוברת הכפרה אל החללים החיצוניים יותר, וְאֶת אֹהֶל מוֹעֵד וְאֶת הַמִּזְבֵּחַ יְכַפֵּר, פעולה המטהרת את ההיכל ואת מזבח הזהב הפנימי, ויש הסבורים שדרכה מיטהרות גם עזרות המקדש והאנשים העומדים סביב מזבח העולה החיצון. בשלב האחרון חלה הטהרה על האומה כולה באמצעות וידויים, וְעַל הַכֹּהֲנִים וְעַל כָּל עַם הַקָּהָל יְכַפֵּר, והחזרה על המילה יְכַפֵּר בסוף הפסוק נועדה להכליל גם את הלויים בתהליך. בסופו של דבר, אף על פי שישנם קרבנות שונים לכל קבוצה, שעיר המשתלח נושא עליו את חטאי כולם כאחד ומשווה את כלל הציבור, הזקוק במידה שווה לרחמי ה' ולסליחתו.