פסגת עבודת יום הכיפורים היא פעולת היטהרות מקיפה, המקרינה החוצה מן המוקד המקודש ביותר אל עבר האומה כולה. פסוק סיכום זה מאגד את שלבי הכפרה ההדרגתיים, ומפרט את המקומות, האנשים והתהליכים הנדרשים כדי לשקם את ההרמוניה בין ה׳ לישראל. הפסוק מלמד כי סדר העבודה והכפרה שהוטל על אהרן תקף לכל כהן גדול שיעמוד אחריו לדורות [בכור שור, מלבי"ם]. כמו כן, הפסוק קובע סדר כרונולוגי קפדני; אף שלכל מקום ומעמד ישנה כפרה בפני עצמה, כפרת השלבים המוקדמים מעכבת את המאוחרים, כדי שלא ישתנה הסדר שקבעה התורה [רלב"ג].
הפועל יְכַפֵּר (או וְכִפֶּר) מופיע שלוש פעמים לאורך הפסוק. רוב הפרשנים מסכימים כי חזרה זו אינה מקרית, אלא נועדה לחלק את הפסוק למשפטים נפרדים המייצגים שלושה מוקדי כפרה שונים [מלבי"ם, רד"צ הופמן].
המוקד הראשון הוא קודש הקודשים: וְכִפֶּר אֶת מִקְדַּשׁ הַקֹּדֶשׁ. מדובר בהזאת הדם לפני ולפנים [תורה תמימה, ביאור יש"ר, אדרת אליהו, אבן עזרא]. המילה מִקְדַּשׁ מופיעה כאן בצורת סמיכות. יש המסבירים כי הכוונה היא ל"קדושת הקודש", כלומר כפרה על מי שנכנס לקודש הקודשים בטומאה [מלבי"ם]. אחרים מפרשים שהמילה נגזרת מ"מְקַדֵּשׁ", שכן זהו החלק החשוב ביותר שממנו שואב כל המשכן את קדושתו. אף שקודש הקודשים אינו נטמא בפועל על ידי כניסת אנשים, עוונות העם גורמים לסילוק השכינה, ויש צורך סמלי לטהר את אידיאל התורה שהועם בשל חטאי המציאות [רד"צ הופמן, רש"ר הירש]. כפרה זו על "מקום הקודש" תקפה גם בבית שני, כאשר הארון והכפורת כבר לא היו בנמצא [תורה תמימה].
המוקד השני עובר אל ההיכל והמזבחות: וְאֶת אֹהֶל מוֹעֵד וְאֶת הַמִּזְבֵּחַ יְכַפֵּר. בניגוד לקודש הקודשים, מקומות אלו עשויים להיטמא בפועל ודורשים טיהור אקטיבי [רד"צ הופמן], הנעשה באמצעות הזאות הדם על הפרוכת ועל מזבח הזהב הפנימי [ביאור יש"ר, שפתי כהן]. הפרשנים מציינים כי מכיוון שכפרת אוהל מועד (ההיכל) כוללת ממילא את המזבח שבתוכו, האזכור הנפרד של המזבח, בתוספת הפועל יְכַפֵּר, בא לרבות ולהוסיף מעגל כפרה נוסף – טיהור עזרות המקדש [תורה תמימה, מלבי"ם, אדרת אליהו].
המוקד השלישי עובר מן המבנה הפיזי אל האנשים הסובבים אותו: וְעַל הַכֹּהֲנִים וְעַל כָּל עַם הַקָּהָל יְכַפֵּר. כפרה זו אינה נעשית על המזבח עצמו, אלא על העם, באמצעות שלושת הווידויים של הכהן הגדול [שפתי כהן, רד"צ הופמן]. הַכֹּהֲנִים הם הכהן הגדול, בני ביתו ואחיו הכהנים [רלב"ג, ביאור יש"ר].
באשר למילים עַם הַקָּהָל, מתעוררת שאלת מעמדם של הלוויים. המילה "קהל" כשלעצמה כוללת את כולם, אך התוספת של המילה "עם" באה לדייק ולהוציא מן הכלל את הכהנים והלוויים, כך שהביטוי מכוון לישראל בלבד [מלבי"ם]. אם כן, היכן נרמזת כפרת הלוויים? יש הסבורים כי הלוויים נכללים בתוך "עם הקהל" משום שאינם כהנים [אבן עזרא, פרדס יוסף]. לעומת זאת, פרשנים אחרים טוענים כי בדיוק משום שהלוויים (ויש אומרים שגם העבדים) הוחרגו מן המילה "עם", התורה חותמת את הפסוק בפועל יְכַפֵּר בפעם השלישית, כדי לרבות גם אותם במעגל הכפרה [תורה תמימה, מלבי"ם, אדרת אליהו].
בסופו של דבר, הפסוק משווה את כל חלקי העם לכפרה אחת. למרות שעל טומאת מקדש וקודשיו הכהנים מתכפרים בדם הפר וישראל בדם השעיר, כולם מתאחדים ומתכפרים יחד על שאר העבירות באמצעות שעיר המשתלח. וגם לדעות הסוברות שהם חלוקים באמצעי הכפרה שלהם לאורך כל הדרך, התורה מאחדת אותם בפסוק זה כדי להורות שכולם שווים בעצם השגת הכפרה מאת ה׳ [תורה תמימה, אדרת אליהו, מלבי"ם].