יום הכיפורים נקבע לדורות כזמן מיוחד וייעודי לסליחה, למחילה ולמירוק עוונות. תהליך זה מורכב משני רבדים משלימים: כפרה על מעשה החטא עצמו, והשגת טהרה פנימית של הנפש.
הפרשנים נחלקו בשאלת הגורם המבצע את הכפרה במילה יְכַפֵּר. גישה אחת גורסת כי הפעולה מתייחסת לכהן הגדול, אשר באמצעות עבודתו והקרבנות שהוא מקריב משיג כפרה עבור העם [ספורנו, שד"ל, ביאור יש"ר, אבן עזרא, רד"צ הופמן]. לעומת זאת, גישה רחבה מצביעה על כך שקדושת היום עצמו היא המכפרת. לפיכך, גם בזמן שאין בית מקדש ואין קרבנות, עיצומו של יום מביא לכפרה, והצום ושביתת המלאכה נועדו לעורר את האדם לתשובה [רלב"ג, מלבי"ם, רש"ר הירש, תורה תמימה, אדרת אליהו, חומש קה"ת].
ההבטחה להינקות מִכֹּל חַטֹּאתֵיכֶם אינה מוגבלת רק לשגגות. המילה כוללת בתוכה את כל סוגי העוונות, ואף חטאים שנעשו במזיד נחשבים ביום זה כשגגות [אבן עזרא, נתינה לגר, שפתי כהן]. עם זאת, חכמים מצביעים על מדרגות שונות של כפרה בהתאם לחומרת החטא. עבירות קלות מתכפרות מיד, בעוד שעבירות חמורות, כגון אלו שחייבים עליהן כרת או חילול ה', דורשות בנוסף ליום הכיפורים גם ייסורים או מיתה כדי להשלים את תהליך המירוק [פני דוד, תורה תמימה, חומש קה"ת].
בפסוק ניכר כפל לשון בין לְטַהֵר אֶתְכֶם לבין תִּטְהָרוּ. הפרשנים מסבירים כי בעוד שהכפרה, משמעותה מניעת העונש והסרת הלכלוך והיא באה מאת ה', הטהרה דורשת שותפות פעילה מצד האדם. המילה תִּטְהָרוּ נדרשת כציווי: על האדם לטהר את עצמו תחילה באמצעות תשובה, וידוי וחרטה כנה, ורק לאחר מכן ישלים ה' את הטהרה ויזכך את נפשו [כלי יקר, העמק דבר, הכתב והקבלה]. טהרה זו אינה רק סילוק החטא, אלא לידה מחדש של הנפש, השבת החירות המוסרית, ואף הפיכת הזדונות לזכויות המאירות באור בהיר [רש"ר הירש, הכתב והקבלה]. יום הכיפורים חושף את הקשר העצמי והבלתי-ניתק שבין נשמת האדם לבוראו, קשר שלעולם אינו נפגם לחלוטין [חומש קה"ת].
מיקומו התחבירי של הצירוף לִפְנֵי ה' עורר את תשומת לבם של המפרשים, שכן לכאורה היה ראוי לכתוב "יכפר עליכם לפני ה'". מתוך חריגה זו, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילים מתייחסות לסוג החטאים: יום הכיפורים מכפר רק על עבירות שהן כלפי שמיים, כלומר בין אדם למקום. לעומת זאת, עבירות שבין אדם לחברו אינן מתכפרות עד שהאדם יפייס את חברו [רבנו בחיי, תורה תמימה, מלבי"ם, חזקוני, רד"צ הופמן]. עם זאת, יש המעירים כי גם בעבירה שבין אדם לחברו קיים פגם של מרידה בציווי האלוהי; יום הכיפורים מכפר על החלק הזה שכלפי שמיים, אך חובת הפיוס והשבת הגזלה נותרת בעינה [נחל קדומים]. עצם ההחלטה הכנה להשיב את הגזלה הופכת את האדם לצדיק ומאפשרת ליום לכפר עליו [חומת אנך]. בנוסף, הצירוף לִפְנֵי ה' רומז לחטאים נסתרים ולספקות שאדם אינו מודע להם, הידועים רק לה' לבדו, ואף עליהם יום הכיפורים מכפר [שד"ל, תורה תמימה, רד"צ הופמן]. לבסוף, הטהרה השלמה מושגת כאשר הקהילה מאוחדת ושרויה בשלום, ללא מחלוקות שניבעו מעסקי חולין [כלי יקר].