בשיאה של עבודת יום הכיפורים, לאחר שהכוהן הגדול השלים את כפרתו האישית ונטהר, הוא רשאי כעת לגשת ולבקש רחמים מלפני מלך מלכי המלכים בעבור האומה כולה [ספורנו]. לשם כך, הוא יוצא אל חצר המשכן [אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ], שוחט את השעיר שעלה עליו הגורל לה', ומכניס את דמו בכלי אל תוך קודש הקודשים [אדרת אליהו, תורה תמימה, ביאור שטיינזלץ].
הכתוב מדגיש כי זהו שְׂעִיר הַחַטָּאת אֲשֶׁר לָעָם. רוב הפרשנים מסבירים שתוספת זו באה להבדיל בין כפרת העם לכפרת הכוהנים. בעוד שהכוהנים מתכפרים בפר של אהרון, השעיר מיועד באופן בלעדי לכפרתם של ישראל, ואין לכוהנים חלק בו [חזקוני, מלבי"ם, אדרת אליהו]. עם זאת, המילים אֲשֶׁר לָעָם יוצרות גם הקבלה ישירה בין קרבן העם לקרבן הכוהן: כשם שהפר מכפר על טומאת המקדש וקודשיו עבור הכוהנים, כך בדיוק עושה השעיר עבור כלל ישראל [רש"י, מזרחי, גור אריה, שפתי חכמים]. כפרה זו נועדה לטהר את הקודש מטומאות בני ישראל, ובפרט ממקרים של טומאת מקדש שנעשתה בשגגה ולא נודעה לאדם, כדי למנוע את סילוק השכינה מישראל בעקבות החטאים והפשעים [ביאור יש"ר, הכתב והקבלה, גור אריה].
בתוך קודש הקודשים מצטווה הכוהן הגדול: וְעָשָׂה אֶת דָּמוֹ כַּאֲשֶׁר עָשָׂה לְדַם הַפָּר. הוראה זו מלמדת שסדר ההזאה של דם השעיר זהה לחלוטין לזה של דם הפר: הזאה אחת כלפי מעלה, ושבע הזאות כלפי מטה [רש"י, רד"צ הופמן, ביאור שטיינזלץ]. הפרשנים מציינים כי הכתוב משלים את הפרטים החסרים בין שני הקרבנות. לגבי השעיר נכתבה המילה אֹתוֹ, המרמזת להזאה אחת בלבד, ואילו בפר מפורשות שבע הזאות. ההשוואה ביניהם מלמדת ששניהם דורשים בדיוק את אותו הסדר של הזאה אחת למעלה ושבע למטה [תורה תמימה, אדרת אליהו, מזרחי, שפתי חכמים].
ההזאה עַל הַכַּפֹּרֶת וְלִפְנֵי הַכַּפֹּרֶת דרשה מיומנות פיזית מדויקת. כאשר הכוהן הזה כלפי מעלה, הוא הפנה את גב ידו כלפי מטה; וכאשר הזה את שבע ההזאות כלפי מטה, הפך את ידו והתיז את הדם בתנועה הדומה להצלפה בשוט. הדם לא נגע בפועל בארון עצמו, אלא נפל על הקרקע בסמוך לעובי הכפורת [תורה תמימה]. אגב כך, עולה השאלה כיצד התבצעה עבודה זו בימי בית שני, כאשר ארון הברית והכפורת כבר לא היו בנמצא. התשובה לכך היא שההזאה נעשתה באותו מקום מדויק שבו עמדה הכפורת בעבר [ריב"א].
מעבר לפן ההלכתי, שוויון זה בעבודת הדם מבטא רעיון רוחני עמוק. ההשוואה המוחלטת בין דם הפר של הכוהן לדם השעיר של העם מלמדת שאין הבדל בין מנהיג רוחני לאדם מן השורה. שניהם נדרשים לכוון את שאיפותיהם כלפי מעלה אל ה' האחד (הזאה אחת למעלה), ולאחר מכן להוריד את הקדושה הזו וליישם אותה בשלמות בחיי המעשה על פני האדמה (שבע הזאות למטה) [רש"ר הירש]. ברובד סמלי נוסף, יש הרואים במילים אֶת דָּמוֹ כַּאֲשֶׁר עָשָׂה רמז למאמץ הרוחני בלימוד התורה, שכן אדם העוסק בתורה מתיש את כוחו, ונחשב הדבר כאילו הקריב את דמו שלו [שפתי כהן].