שיאו של סדר העבודה ביום הכיפורים מתבטא באקט פיזי רב-עוצמה, שבו משא החטאים של האומה כולה מועבר אל שעיר המורחק מן היישוב. פעולה זו אינה רק טקס כפרה, אלא הצהרה סמלית עמוקה על ניתוק מוחלט מן העבר והשלכת הרע אל מקום השממה.
המילה עָלָיו נראית לכאורה מיותרת, שכן ברור שהשעיר נושא את העוונות. רוב המפרשים מסכימים כי תוספת זו באה להדגיש בלעדיות: רק שעיר זה, של יום הכיפורים, נושא עליו ומכפר על עבירות שנעשו במזיד, בניגוד לשעירי מוספים של ראשי חודשים ומועדים המכפרים רק על חטאים בשוגג [תורה תמימה, מלבי"ם, אדרת אליהו, אילת השחר]. המילה עֲוֹנֹתָם מתפרשת כביטוי כולל המאגד בתוכו את כל סוגי החובות, הפשעים והחטאים שעליהם התוודה הכהן הגדול [אוהב גר].
רבים מן הפרשנים מזהים בפסוק זה רובד אלגורי עמוק הסובב סביב מאבקו ההיסטורי והרוחני של עם ישראל. השעיר מסמל את עשו, שנקרא במקרא "איש שעיר", ואילו המילה עֲוֹנֹתָם נדרשת כ"עונות תם" – חטאיו של יעקב, שנקרא "איש תם". על פי גישה זו, שרו של עשו משתדל כל השנה להחטיא את ישראל, ולכן מן הדין הוא שיישא בתוצאות ויקבל עליו את משא החטאים שהוא עצמו יזם [רא"ש, כלי יקר, בעלי ברית אברם]. בנוסף, חלק מן החטאים נגרמו בעטיו של שעבוד המלכויות והגלות תחת שלטון עשו, ולכן צודק הדבר שהאחריות תוטל עליו [חתם סופר].
בקו מחשבה דומה, יש המתארים את השעיר כעין "שוחד" הניתן למקטרג ביום הדין. קבלת החלק הזה מסנוורת את עיניו של המקטרג, וגורמת לו להפוך לסנגור המשבח את ישראל. כאשר ה' רואה את שקריו של המקטרג, הוא מעניש אותו ומטיל עליו לשאת את כל העוונות אל המצולות [רא"ש, בעלי ברית אברם]. לחלופין, המקטרג מתואר כעד שקר המעיד נגד ישראל כל השנה, וביום הכיפורים, כשמתברר שישראל נקיים, עד השקר נענש ומשלם "מביתו" בנשיאת החוב [נחל קדומים].
מנגד, ישנה גישה השוללת לחלוטין כל קשר לעבודת שדים או ריצוי כוחות טומאה במדבר. שליחת השעיר אינה קורבן לשד, אלא סמל לכך שלכוח ההתנגדות והמרד בה' אין כל עתיד בתוך הקהילה, ויש להרחיקו אל השממה [רש"ר הירש].
השעיר נשלח אֶל־אֶרֶץ גְּזֵרָה. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר באזור הררי תלול, בעל מצוקים חדים, המנותק ומובדל מכל יישוב אדם. זוהי ארץ שוממה שאינה ראויה לזריעה, שכן אם העוונות היו מובאים לארץ מעובדת, הטומאה שבהם הייתה מונעת ממנה להצמיח יבול [רלב"ג, חזקוני]. המדבר נתפס כמקום הראוי לכילוי החטא, משום שהוא נעדר מאור השכל והנוכחות האלוהית הגלויה [אם למקרא]. בנוסף, הרחקת החטאים למקום כה נידח נושאת תועלת פסיכולוגית עצומה לעם: היא נוטעת בלבם את הביטחון שחטאיהם נמחו לחלוטין, ומונעת מהם לשקוע בייאוש [רלב"ג]. יש המפרשים את המילה גְּזֵרָה גם כגזירת מלך – חוק אלוהי שאין לאדם רשות להרהר אחריו [שפתי כהן]. פירוש ייחודי נוסף מציע כי השילוח למדבר נועד לכפר ספציפית על הולכי דרכים, שאינם יכולים להביא קורבנות בעצמם, ובכך להגן עליהם מסכנות הדרכים [רא"ש].
הפסוק מסתיים בהוראה וְשִׁלַּח אֶת־הַשָּׂעִיר בַּמִּדְבָּר. השעיר חייב למצוא את מותו במדבר, שכן כקורבן חטאת, הותרתו בחיים עלולה להוות תקלה ומכשול [רלב"ג]. שורש המילה וְשִׁלַּח מרמז בעצמו על מוות, בדומה למילה "שלח" שמשמעותה חרב [ביאור יש"ר]. אף על פי שהאדם הממונה דוחף את השעיר מן הצוק, יש המתארים התערבות ניסית שבה רוח סערה פתאומית וחזקה דוחפת ומרסקת את השעיר לאיברים עוד בטרם הגיע למחצית ההר, דבר המסמל את מחייתם המופלאה של חטאי ישראל [ביאור יש"ר, שפתי כהן, פירושי רד"צ הופמן].
מבחינה הלכתית וסדר העבודה, המילה וְשִׁלַּח מלמדת שהכהן הגדול אינו רשאי להמשיך בשלבים הבאים של עבודת היום (כגון קריאת התורה או הקטרת החלבים) עד שיקבל הודעה ודאית שהשעיר אכן הגיע למדבר [תורה תמימה, העמק דבר]. עם זאת, חשוב להדגיש כי עצם פעולת הדחיפה מהצוק אינה מעכבת את הכפרה; הכפרה עצמה כבר הושגה בשלבים הקודמים של הגורל ווידוי הכהן, ואילו ההשלכה נועדה רק להשלים את הרעיון הסמלי של סילוק החטא [רש"ר הירש].