תהליך הטהרה הלאומי של יום הכיפורים מתחיל דווקא באדם הפרטי העומד בראש המערכת הרוחנית. בטרם יוכל הכהן הגדול לבקש סליחה עבור העם כולו, עליו קודם כל להגיע לנקיות כפיים אישית ולכפר על חטאיו שלו ועל חטאי משפחתו, שכן ראוי שהזכאי יבוא ויכפר על החייב ולא להפך [בכור שור, פירושי רד"צ הופמן].
וְהִקְרִיב אַהֲרֹן אֶת פַּר הַחַטָּאת – הכהן מגיש את הפר אל העזרה שבמקדש [רשב"ם, אבן עזרא]. התורה מדגישה כי זהו הפר אֲשֶׁר לוֹ, כלומר פר המובא מכספו הפרטי והאישי בלבד. רוב הפרשנים מסכימים כי הדגשה זו נועדה לפסול הבאת קורבן שנקנה בכספי ציבור, בכספי מעשרות או מכספם של כוהנים אחרים, וכי תנאי זה של בעלות פרטית מעכב את כשרות העבודה [מזרחי, תורה תמימה, מלבי"ם].
וְכִפֶּר בַּעֲדוֹ – מכיוון שבשלב זה הפסוק מתאר את תחילת העבודה והפר עדיין לא נשחט, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שאין מדובר כאן בכפרה פיזית הנעשית באמצעות דם הקורבן, אלא ב"כפרת דברים", כלומר וידוי מילולי [רש"י, מזרחי, חזקוני]. הכהן סומך את ידיו על ראש הפר, ומתוודה. הווידוי עצמו נחשב לקורבן של מילים, והוא דורש כנות מוחלטת והכרה עצמית נטולת תירוצים, כדי להבטיח עתיד נקי מחטאים [רש"ר הירש, שפתי כהן]. סדר הווידוי בנוי מן הקל אל החמור: תחילה מתוודים על חטאים שנעשו בשוגג או מתוך תאווה ("חטא"), לאחר מכן על עבירות שנעשו במזיד ("עוון"), ולבסוף על מעשי מרידה מכוונים ("פשע") [מלבי"ם]. מנגד, ישנה דעת מיעוט הסבורה כי המילה כפרה כאן מתייחסת לתוצאה הסופית שתתרחש בהמשך לאחר שחיטת הפר וזריקת דמו, או שעצם העמדת הקורבן במקומו פועלת ככפרה [אבן עזרא, אבי עזר].
הכהן מתוודה לא רק על עצמו אלא גם וּבְעַד בֵּיתוֹ. הפרשנים מסבירים כי המילה ביתו מכוונת לאשתו של הכהן הגדול. מכאן נלמדת ההלכה שעל הכהן הגדול להיות נשוי ביום הכיפורים, ולאישה אחת בלבד [תורה תמימה, אדרת אליהו]. דרישה זו נועדה להבטיח שהכהן יהיה שרוי בטהרת המחשבה ונקי מהרהורים [רלב"ג]. מעבר לכך, הדבר מסמל שחיי הנישואין הם הבסיס לחיים מוסריים שלמים. העלייה לפסגות הרוחניות הגבוהות ביותר בקודש הקודשים חייבת להיות מחוברת בסופו של דבר להרמוניה המשפחתית ולחיי המעשה בבית פנימה [רש"ר הירש, חומש קה"ת].