כניסתו של הכהן הגדול אל קודש הקודשים היא רגע השיא של עבודת המשכן, והיא דורשת הכנה מדוקדקת, פיזית ורוחנית כאחד. הפסוק מניח את התשתית המעשית והרעיונית לסדר העבודה, ומבהיר כי הכניסה למקום המקודש ביותר אינה יכולה להיעשות כבדרך שגרה, אלא מותנית בתנאים מחמירים של כפרה וזכות.
המילה בְּזֹאת מובנת ברובד הפשט כהוראה מעשית: על הכהן להיכנס רק על פי הסדר והמשפט המפורטים בהמשך [ביאור יש"ר]. הכניסה מחייבת הבאת "דורון" לקונו, שכן כניסה ריקנית אל הקודש אסורה ונושאת עמה עונש מוות [בכור שור, הדר זקנים]. ברובד העמוק יותר, המילה בְּזֹאת נדרשת כרמז למטען הרוחני שעמו נכנס הכהן הגדול. הוא אינו נכנס לבדו, אלא נושא עמו "חבילות של מצוות" וזכויות המגנות עליו, כגון זכות התורה (שנאמר בה "וזאת התורה"), זכות המילה ("זאת בריתי"), וכן זכויות השבת, ירושלים, השבטים והקורבנות [רמב"ן, רבנו בחיי, צאינה וראינה, פרדס יוסף].
התורה מדגישה יָבֹא אַהֲרֹן, אף שהציווי נוהג לדורות. הסיבה לכך היא שהאזהרה הקודמת, שלא למות כפי שמתו בני אהרון, הייתה אישית כלפיו, אך מכאן ואילך מדובר בציווי הנוגע לכלל ישראל, שכן הכהן הגדול נכנס כשליח האומה לכפר עליה [אור החיים, ביאור שטיינזלץ]. עם זאת, יש מי שרואה באזכור שמו של אהרון הבחנה ייחודית: בעוד שדורות הבאים של כוהנים גדולים הורשו להיכנס לקודש רק ביום הכיפורים, אהרון עצמו היה רשאי להיכנס בכל יום מימות השנה, ובלבד שיעשה זאת בדיוק על פי סדר העבודה המפורט כאן [הכתב והקבלה, העמק דבר]. אולם, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהפסוק מגביל מראש את הכניסה ליום הכיפורים בלבד.
הכניסה היא אֶל־הַקֹּדֶשׁ, מונח המכוון ספציפית לקודש הקודשים [פירושי רד"צ הופמן], והוא כולל כל מבנה מקודש, גם כזה שאין בו ארון וכפורת, כפי שהיה בבית המקדש השני [תורה תמימה]. הכניסה מתבצעת לאחר הקרבת קורבן התמיד של שחר [רלב"ג], והכהן ניצב בדיוק בין בדי הארון [העמק דבר].
על הכהן להיכנס בְּפַר בֶּן־בָּקָר לְחַטָּאת וְאַיִל לְעֹלָה. מבחינה מעשית, הכוונה אינה להכנסת הבהמות החיות אל תוך הקודש, אלא להבאת דמן [תורה תמימה, חזקוני]. קורבנות אלו נרכשים מכיסו הפרטי של הכהן הגדול, במטרה לכפר עליו ועל אחיו הכוהנים [אבן עזרא, פירושי רד"צ הופמן]. מבחינה לשונית, התורה כותבת בפר ואיל ולא "ובאיל". השמטת אות היחס ב' לפני האיל מלמדת על הבדל ביניהם: האיל הוא טפל לפר בעבודה זו, ודמו אינו מוכנס פנימה אל קודש הקודשים כדם הפר [מלבי"ם].
בחירת בעלי החיים נושאת משמעות סמלית עמוקה. במישור הלאומי, קורבנות אלו מזכירים את זכות האבות: הפר מרמז לאברהם, עליו נאמר "ואל הבקר רץ אברהם", והאיל מרמז ליצחק ולאיל שהוקרב בעקידה, וכך נכנס הכהן כשהוא עטוף בזכותם [כלי יקר, אדרת אליהו, מגלה עמוקות]. במישור האישי, בְּפַר בֶּן־בָּקָר מסמל מסירות והתחדשות רעננה לעבודת ה', ללא שחיקה של הרגל. היותו מוקרב לְחַטָּאת מזכיר לכהן הגדול שעליו להיכנס מתוך ענווה עמוקה והכרה בחטאיו, ולא מתוך גאווה אישית. האַיִל לְעֹלָה מסמל את תפקידו של הכהן כמנהיג העדר ההולך בראש, השואף תמיד להתעלות מוסרית ורוחנית [רש"ר הירש]. מתוך אותה ענווה, הכהן משיל מעליו את בגדי הזהב המפוארים ולובש בגדי פשתן לבנים ופשוטים, המסמלים טהרה מוחלטת והיעדר נטיות של רדיפת בצע או כבוד אישי [ספורנו, פרדס יוסף].