קריאה פשוטה של הכתוב מעוררת תמיהה, שכן הכהן הגדול כבר נמצא בתוך הקודש ועוסק בעבודתו, ופתאום הוא מצטווה להיכנס שוב, לפשוט את בגדיו ולהניח אותם שם. רוב הפרשנים מסכימים כי פסוק זה אינו כתוב על פי סדר הזמנים הכרונולוגי של התרחשות האירועים. הרי לא ייתכן שהכהן ייכנס אל הקודש ללא מטרה, רק כדי לפשוט את בגדיו ולהישאר ערום בהיכל [רמב"ן, חזקוני]. לכן, מטרת הכניסה המחודשת וּבָא אַהֲרֹן היא להוציא מקודש הקודשים את הכף והמחתה שהכניס לשם קודם לכן. השארת האפר במקום הקדוש ביותר נחשבת לגנאי וחוסר כבוד כלפי מעלה [ריב"א, חזקוני]. יש המוסיפים כי לאחר שהושגה הכפרה לעם, כניסה זו נחשבת מעין ביקור של כבוד אצל השכינה [רד"צ הופמן].
הסיבה לכך שהתורה שינתה את סדר הפסוקים וכתבה את הוצאת הכף והמחתה כעת, היא כדי לרכז ברצף אחד את כל העבודות הפנימיות שנעשות בבגדי פשתן לבנים [רמב"ן, טור, תורה תמימה, מלבי"ם, רש"ר הירש]. בפועל, הוצאת הכף והמחתה התרחשה בשלב מאוחר יותר של היום, לאחר שהכהן החליף לבגדי זהב והקריב קורבנות בחוץ. דחייה זו נועדה לקיים את ההלכה שנמסרה למשה מסיני, לפיה הכהן הגדול חייב לטבול חמש פעמים ביום הכיפורים. לו היו הפעולות נעשות ברצף כפי שהן כתובות, הכהן היה טובל שלוש פעמים בלבד [רש"י, מזרחי, גור אריה]. עם זאת, יש המבחינים בין אהרן הכהן לבין הדורות הבאים. לאהרן הותר להיכנס לקודש בכל יום בשנה בתנאי שיעשה זאת לפי סדר זה, ועבורו הפסוק אכן כתוב כסדרו ודורש שלוש טבילות בלבד. אך לדורות, ביום הכיפורים, הסדר משתנה כדי לאפשר חמש טבילות [העמק דבר, נתינה לגר, ברכת אשר].
כאשר הכהן מסיים את עבודתו הפנימית הוא מצטווה וּפָשַׁט את בגדי הפשתן הלבנים. סמיכות הפשטת הבגדים לרחצה שבאה מיד אחריה, מלמדת שכל החלפה בין בגדי לבן לבגדי זהב דורשת טבילה וקידוש ידיים ורגליים [תורה תמימה, מלבי"ם, ברטנורא]. למרות שהמעבר מבגדי הלבן הקדושים לבגדי הזהב נראה כירידה ברמת הקדושה, הכהן נדרש לטבול משום שלאחר שהתקדש בעבודה הפנימית, גם עבודות החוץ הפשוטות מתעלות ונעשות בקדושה יתרה [חתם סופר].
בסיום התהליך נאמר על הבגדים הלבנים וְהִנִּיחָם שָׁם. משמעות הוראה זו היא שהבגדים טעונים גניזה, ואסור לכהן הגדול או לכל כהן אחר להשתמש בהם לעולם, אפילו ביום הכיפורים הבא [רש"י, רלב"ג, משכיל לדוד, ביאור יש"ר, שטיינזלץ]. הסיבה לכך היא שהבגדים התעלו לקדושה עליונה כששימשו לפני השם, ואין זה ראוי שישמשו שוב לאחר שעברה שעת מעלתם [ספורנו, מזרחי]. הסבר נוסף וסמלי לגניזת הבגדים הוא שמהותו של יום הכיפורים היא תשובה, וכאשר אדם שב בתשובה כנה הוא הופך לאדם חדש. לכן, הבגדים ששימשו לעבודת היום חייבים להיות חדשים בכל שנה, כדי לשקף את כוחה של התשובה לחולל שינוי והתחדשות [חומש קה"ת].