רגעי השיא של עבודת יום הכיפורים כוללים את הוצאת השעיר נושא החטאים אל המדבר. פעולה זו, שמטרתה לטהר את עם ישראל כולו, יוצרת פרדוקס שבו דווקא האדם המבצע את השליחות ומרחיק את החטא, נטמא בעצמו ונדרש לתהליך טהרה לפני שיוכל לשוב אל החברה.
המילה וְהַמְשַׁלֵּחַ מתייחסת לאדם המיועד שלוקח את השעיר, ולא לכוהן הגדול. מבחינה לשונית, השימוש בבניין פיעל ("משלח" לעומת "שולח") מצביע על שליחות של ציון דרך ופרידה שאין בה חזרה [מלבי"ם, אילת השחר]. הקריאה המדויקת של המילה היא בה"א עם געיא ומ"ם בשווא [מנחת שי]. בניגוד לגישה המקובלת שמדובר באדם המוליך את השעיר, ישנה דעה יוצאת דופן ולפיה המילה גזורה מהשורש "שלח" שמשמעותו כלי נשק או סכין, והכתוב מרמז על כך שהשעיר אינו משתלח לחיים, אלא נחתך ומומת במדבר [בכור שור].
באשר ליעד שאליו נשלח השעיר, לַעֲזָאזֵל, הפרשנים נחלקים בין משמעות פיזית לרוחנית. יש המזהים את העזאזל כמקום גיאוגרפי, הר צוק עז וקשה [מלבי"ם]. לעומת זאת, רבים רואים בו סמל לכוחות אופל רוחניים. המדבר החרב נתפס כמקומו של סמאל ושל הצד האחר (הסטרא אחרא), ומכאן שהשם מורכב מהמילים "עז אזל", המקום שאליו הולך ונאסף הכוח, או "עזא זל", מקום של פחיתות וזלזול [אור החיים, מלבי"ם]. השילוח לשם מפגיש את האדם עם כוחות אפלים [ביאור שטיינזלץ], ומייצג את אובדן החירות המוסרית והכניעה ליצרים, שהם שורש הטומאה [רש"ר הירש].
בשל המגע עם השעיר הנושא את עוונות העם, והמפגש עם אותם כוחות טומאה, האדם המשלח נטמא [ביאור יש"ר, רש"ר הירש, רד"צ הופמן]. במישור האלגורי, הדרישה כי המשלח יְכַבֵּס בְּגָדָיו רומזת שעליו לנקות את "בגידותיו" וחטאיו האישיים במים של תשובה, כדי למנוע מהמלאך המקטרג לחפש עלילה על ישראל בשעת השילוח [שפתי כהן]. טומאה זו חלה אך ורק על המשלח עצמו ולא על האנשים המלווים אותו. היא אינה מתחילה מיד, אלא רק מהרגע שבו הוא יוצא מחוץ לחומות ירושלים, שכן אז הוא נחשב כמי שעוסק בפועל בשליחות לעבר הצוק [תורה תמימה, אדרת אליהו, מלבי"ם, רד"צ הופמן].
הכתוב מדגיש כי וְאַחֲרֵי כֵן יָבוֹא אֶל הַמַּחֲנֶה. תוספת זו נועדה ללמד שאין מדובר רק בגזירת מלך שרירותית או איסור כניסה טכני למקדש, אלא בטומאה ממשית המחייבת תהליך טהרה [מלבי"ם, אילת השחר, צפנת פענח, אדרת אליהו]. באשר לאופן הטהרה, מתקיימת מחלוקת בין המפרשים: יש הסבורים כי ברגע שהמשלח וְרָחַץ אֶת בְּשָׂרוֹ בַּמַּיִם, די לו בכך והוא אינו צריך להמתין עד הערב כדי להיטהר ולהיכנס למחנה [חזקוני, אבן עזרא]. מנגד, פרשנים אחרים קובעים כי הכניסה בחזרה למחנה ולמקדש מותנית לא רק בטבילה אלא גם בהמתנה לשקיעת החמה. עם זאת, מרגע שנטהר והשמש שקעה, עליו לשוב למחנה ולא לעכב את חזרתו בשל איסורי המלאכה של יום הכיפורים [רלב"ג, רש"ר הירש, רד"צ הופמן].