התהליך המרכזי של יום הכיפורים מציג ניגוד דרמטי בין שני שעירי עזים זהים, שגורלם נקבע בפתח המקדש ומנתב אותם למסלולים הפוכים לחלוטין. בעוד השעיר האחד מוקרב לה' בתוך המקדש ומתעלה על ידי מותו, השעיר השני נותר שלם בגופו, אך מורחק אל מחוץ ליישוב האנושי כשהוא נושא עליו את חטאי העם.
כאשר הכתוב מציין אשר עלה עליו הגורל, הכוונה היא שהפתק שעליו כתוב "לעזאזל" עלה מתוך הקלפי לשמו של שעיר זה, והונח ממש על גופו [רד"צ הופמן, אדרת אליהו].
המילים יעמד חי מנוסחות בבניין סביל (הופעל), כלומר השעיר יועמד על ידי אחרים במצב של חיים [רש"י, אבן עזרא, הכתב והקבלה, רד"צ הופמן]. הפרשנים עומדים על כך שציון החיים כאן בא ללמד על סופו של השעיר. מכיוון שבהמשך נאמר רק שעליו להשתלח למדבר, ניתן היה לחשוב שהוא נשלח לשוטט שם בחופשיות. לכן הכתוב מדגיש שרק כל עוד הוא נמצא "לפני ה'" הוא עומד חי, אך עצם שילוחו נועד להביא למיתתו, כאשר הוא נדחף מצוק ההר ומתרסק לאיברים [רש"י, מזרחי, חזקוני, ברכת אשר, רד"צ הופמן]. מבחינה הלכתית, דרישת החיים קובעת את גבולות הזמן של הטקס: על השעיר להישאר חי לפחות עד שייזרק דמו של השעיר הפנימי, או עד לסיום וידוי הדברים עליו, ואם נטרף או קיבל מום פוסל לאחר ההגרלה – הוא נפסל [תורה תמימה, מלבי"ם, חזקוני, אדרת אליהו, העמק דבר, פרדס יוסף].
מבחינה רעיונית, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהשארתו בחיים לפני ה' נועדה לאפשר את השלב הבא: לכפר עליו. בניגוד לשאר הקרבנות שבהם הכפרה נעשית באמצעות שחיטה וזריקת דם, כפרתו של שעיר זה מתבצעת בעודו בחיים באמצעות וידוי דברים בלבד. הכהן הגדול סומך את ידיו על גוף השעיר, מתוודה, ובכך מעביר ומסלק את חטאי העם אל השעיר [מזרחי, שפתי חכמים, ביאור יש"ר, הכתב והקבלה, שטיינזלץ]. יש שמוסיפים כי החטא והטומאה משולים למוות, ולכן בטרם התוודו עליו את החטאים הוא נקרא "חי", אך מרגע שהועמסו עליו העוונות הוא נחשב כמת [אור החיים].
לאחר מכן הכהן מצווה לשלח אתו. המילה "אתו" (אותו) מלמדת כי גם אם אירעה תקלה במהלך העבודה והוצרכו להביא זוגות נוספים של שעירים ולהגריל עליהם, בסופו של דבר משלחים רק שעיר אחד למדבר ולא אחדים [תורה תמימה, אדרת אליהו]. שילוח זה מלווה בסילוק רוח הטומאה והכעס מעל ישראל [בכור שור, שפתי כהן], והוא מתבצע על ידי שליח שאינו זקוק לבגדי כהונה [שפתי כהן].
יעדו של השעיר הוא לעזאזל המדברה. המונח "עזאזל" מתפרש במספר דרכים. הגישה הרווחת היא שמדובר בתיאור גיאוגרפי של מקום קשה, עז ותלול, צוק הרים חתוך ושומם שאין בו תבואה, אליו השעיר מושלח [רשב"ם, רלב"ג, מלבי"ם, אדרת אליהו]. אחרים מפרשים את המילה כשילוב של "עז" (עקשנות וקשיחות) ו"אזל" (נעלם וכלה), סמל ליצרים הפיזיים והחומריים שמרחיקים את האדם מה', אשר אין להם עתיד ולכן הם מגורשים אל השממה [רש"ר הירש]. פירוש נוסף קושר את השילוח לכפרה על חטאיהם הקדומים של המלאכים הנפילים עוזא ועזאל [מלבי"ם, אדרת אליהו]. התוספת "המדברה" נועדה ללמד שהחובה לשלח את השעיר לאזור מדברי חלה בכל הדורות ובכל מקומות המקדש השונים שהיו לאורך ההיסטוריה, החל מהמשכן, דרך שילה, נוב וגבעון, ועד לבית המקדש הקבוע בירושלים [תורה תמימה, מלבי"ם].