תהליך הכפרה של יום הכיפורים מגיע לשיאו ברגע דרמטי שבו הכהן הגדול מעביר את חטאי העם אל השעיר המשתלח. פעולה זו, המשלבת מגע פיזי, וידוי מילולי ושילוח למדבר, מנקה את העם ממשאו הרוחני, ומכפרת על מגוון רחב של עבירות שאין להן פתרון אחר במערכת הקרבנות הרגילה [חומש קה"ת].
הפעולה מתחילה במגע הפיזי: וְסָמַ֨ךְ אַהֲרֹ֜ן אֶת־שְׁתֵּ֣י יָדָ֗ו עַ֣ל רֹ֣אשׁ הַשָּׂעִיר֮ הַחַי֒. התורה מדגישה במכוון את המילים שְׁתֵּ֣י יָדָ֗ו, בניגוד לרוב המקומות שבהם נכתב "ידו" בלשון יחיד. הפרשנים מסכימים כי שינוי זה משמש "בניין אב" (כלל הלכתי מנחה) המלמד שכל סמיכת ידיים על קרבן צריכה להיעשות בשתי הידיים ובכל כוחו של האדם [רלב"ג, מלבי"ם, חזקוני, תורה תמימה]. על פי מסורת הקריאה והכתיב, יש לרכז את הכוח ולהניח את יד ימין על גבי יד שמאל [מלבי"ם, רד"צ הופמן]. הדגשת המילה הַחַי֒ באה למעט שעירי עבודה זרה שאינם טעונים סמיכה, או להורות שהשעיר חייב להישאר בחיים עד תום הוידוי [מלבי"ם, אדרת אליהו]. במובן הרעיוני, השעיר החי מסמל את יצר האדם החי, החושני והעקשן, המסרב להיכנע לחוקי ה׳, ועליו בדיוק יש להתוודות [רש"ר הירש].
לאחר הסמיכה מגיע הוידוי המילולי: וְהִתְוַדָּ֣ה עָלָ֗יו אֶת־כׇּל־עֲוֺנֹת֙ בְּנֵ֣י יִשְׂרָאֵ֔ל וְאֶת־כׇּל־פִּשְׁעֵיהֶ֖ם לְכׇל־חַטֹּאתָ֑ם. הוידוי כולל שלוש קטגוריות של עבירות: "חטאים" הם שגגות הנעשות מחוסר תשומת לב או מתוך יצר; "עוונות" הם זדונות הנעשים בכוונה, לרוב מתוך תאווה או טעות שכלית; ו"פשעים" הם מעשי מרד הנעשים במכוון כדי לפרוק עול ולהכעיס [מלבי"ם, ביאור יש"ר, רש"ר הירש, תורה תמימה].
סדר הזכרת העבירות עורר מחלוקת. לפי דעת חכמים, הסדר הנכון בוידוי הוא מן הקל אל החמור: תחילה שגגות (חטאים), לאחר מכן זדונות (עוונות), ולבסוף מרדים (פשעים). אולם, בפסוק שלנו הסדר הפוך. גישה אחת מסבירה שהפסוק מתאר את הוידוי באופן שבו הכהן מבקש מה׳ להתייחס לזדונות ולמרדים של ישראל כאילו היו רק שגגות ("לכל חטאתם") [תורה תמימה]. גישה אחרת רואה בסדר זה תיאור של התהליך הנפשי של החוטא: הזלזול והאדישות שמובילים לשגגות ("חטאתם"), הם השורש והמקור שגורם בסופו של דבר לאדם להגיע לידי זדונות ומרדים [רש"ר הירש, ביאור יש"ר]. מדרש ציורי מוסיף שהכהן מקדים להתוודות על הפשעים והעוונות הכבדים כדי שה׳ ימהר לכסות אותם ולהעלימם מעיני השטן המקטרג, ורק לבסוף מזכיר את החטאים הקלים [שפתי כהן].
פעולת הוידוי יוצרת העברה סמלית: וְנָתַ֤ן אֹתָם֙ עַל־רֹ֣אשׁ הַשָּׂעִ֔יר. מכיוון שחטאים אינם חפץ מוחשי שניתן להניח, נתינה זו משמעותה שבאמצעות הוידוי החטאים מופרשים, נעזבים ועוברים באופן רעיוני אל השעיר [אבן עזרא, הכתב והקבלה, רש"ר הירש]. בניגוד לשאר הקרבנות המוקרבים לה׳ מתוך רצון וכפרה פנימית, השעיר הזה אינו מוקרב אלא מתפקד כנושא משא בעל כורחו, הלוקח עליו את חטאי העם המטוהרים [רמב"ן, הטור הארוך].
השלב הסופי הוא ההרחקה: וְשִׁלַּ֛ח בְּיַד־אִ֥ישׁ עִתִּ֖י הַמִּדְבָּֽרָה׃. המילה "ושלח" מלמדת שהמשלח שולח לא רק את השעיר, אלא את השעיר יחד עם העוונות שעליו [ביאור יש"ר, רד"צ הופמן]. התורה מדגישה שהשילוח נעשה ביד אִ֥ישׁ כדי ללמד שאין חובה שהמשלח יהיה כהן, ואפילו אדם זר (ישראל) כשר למשימה זו [מלבי"ם, תורה תמימה, רבנו בחיי].
הביטוי עִתִּ֖י זוכה למספר פירושים מרכזיים. הגישה המובילה היא שהמילה נגזרת מהמילה "עת" (זמן), כלומר איש שהוכן וזומן לתפקיד זה מבעוד מועד, עוד מיום אתמול [רש"י, מזרחי, מלבי"ם, רד"צ הופמן]. קביעת ה"עת" מראש מלמדת על נחישות המשימה, ולכן השילוח דוחה אפילו את קדושת השבת (למשל, אם השעיר חולה מותר לשאת אותו) ואת דיני הטומאה [רבנו בחיי, תורה תמימה, מלבי"ם]. גישה שניה מפרשת שמדובר באדם בקיא ורגיל לנווט במדבריות בכל עת ובכל מצב מזג אוויר [רשב"ם, רלב"ג]. לצידן קיימות פרשנויות מיסטיות המזהות את ה"איש עתי" כאדם שהגיע עתו למות באותה שנה [חזקוני, שפתי כהן], או אדם בעל מום פיזי המתאים מבחינה רוחנית לשילוח אל כוחות הטומאה [רקנאטי].
יעדו של השעיר הוא הַמִּדְבָּֽרָה – מקום שממה, המסמל ארץ גזירה שאליה מושלכים החטאים כדי שלא יזכרו עוד, הרחק ממקום יישוב ומסביבת הקדושה [אבן עזרא, העמק דבר, רש"ר הירש].