בשיאו של יום הכיפורים, לאחר שהכהן הגדול מסיים את עבודות הטהרה הפנימיות והנסתרות ביותר, חל מעבר חד בעבודתו. המוקד עובר מן הקודש פנימה אל החצר בחוץ, ומדם הקורבן אל שעיר חי שעליו יתוודה על חטאי העם.
המילה וְכִלָּה מלמדת על סיום מוחלט של סדר הכפרה. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שסיום זה מחייב שלמות וסדר קפדני. אם חיסר הכהן אפילו הזאת דם אחת, עבודתו פסולה. שלמות זו דרשה מן הכהן הגדול זריזות רבה כדי להספיק לסיים את כל משימות היום הרבות, וזריזות זו היא שהביאה בסופו של דבר לנקיונו וטהרתו של העם [תורה תמימה]. בנוסף, יש המדייקים בלשון מִכַּפֵּר ולא "לכפר", כדי ללמד שהכהן לא רק סיים את פעולת הזאת הדם שהיא עיקר הכפרה, אלא סיים לחלוטין את כל התעסקותו בדם, כולל שפיכת שיירי הדם אל יסוד המזבח [מלבי"ם]. בניגוד למזבח החיצון שדורש קורבנות כפרה תמידיים לאורך השנה, כפרה פנימית זו של יום הכיפורים מסתיימת ונשלמת לגמרי עד לשנה הבאה [העמק דבר].
הכתוב מפרט שלושה מוקדים שבהם התבצעה הכפרה: אֶת הַקֹּדֶשׁ שהוא קודש הקודשים בו בוצעה הקטורת והזאת הדם בין הבדים, וְאֶת אֹהֶל מוֹעֵד שהוא ההיכל בו הוזה הדם על הפרוכת, וְאֶת הַמִּזְבֵּחַ שהוא מזבח הזהב הפנימי [ביאור יש"ר, מלבי"ם]. החזרה המודגשת על המילה וְאֶת לפני כל מקום, באה ללמד שכל אחד ממוקדים אלו מהווה תהליך כפרה עצמאי. המשמעות המעשית לכך היא שאם נשפך הדם במעבר בין קודש הקודשים להיכל, או בין ההיכל למזבח, הכהן אינו צריך להתחיל את כל סדר ההזאות מחדש מתחילת היום, אלא רק להביא דם חדש ולהמשיך להזות באותו מקום שבו פסק [מלבי"ם].
לאחר גמר עבודות אלו, ניגש הכהן אל החצר וְהִקְרִיב, כלומר מגיש קרוב אליו, את השעיר שעמד שם מוכן [רד"צ הופמן, שטיינזלץ], כדי לסמוך את ידיו עליו ולהתוודות [רלב"ג, ביאור יש"ר]. התורה מדגישה שזהו הַשָּׂעִיר הֶחָי, ולכאורה הדבר ברור מאליו. הפרשנים מסכימים כי הדגשה זו באה ללמד הלכה קריטית: שעיר זה זקוק וקשור להישאר בחיים עד לסיום מתן הדם של השעיר הראשון שנשחט. אם השעיר המשתלח מת לפני שהסתיימה הכפרה בקודש, הדם של השעיר הראשון נפסל ויש לשפוך אותו ולהתחיל מחדש.
מעבר לפן ההלכתי, יש כאן ניגוד רעיוני עמוק בין שני השעירים. השעיר האחד מת ומסר את דמו פנימה אל תוך הקודש, ובכך ייצג התחדשות, מסירות נפש ובניית עתיד טהור. לעומתו, השעיר השני נשאר לעמוד בחוץ במלוא חיותו, והוא מסמל את הניגוד – את חיי העבר שלא נכנסו אל הקודש מתוך הקרבה עצמית, ועליהם יש להתוודות כעת ולשלחם לעזאזל [רש"ר הירש].