בעיצומה של עבודת יום הכיפורים, ניגש הכהן הגדול אל מזבח הזהב הפנימי. מזבח זה, שבימים כתיקונם מוקדש להקטרת קטורת בלבד, מקבל עליו כעת הזאת דם כחלק מתהליך כפרה ייחודי ונדיר של טיהור המקדש וקודשיו [ביאור שטיינזלץ, רלב"ג].
הציווי וְהִזָּה עָלָיו מתייחס למקום מדויק מאוד במזבח. רוב הפרשנים מסכימים כי ההזאה אינה נעשית על קירות המזבח, אלא על גגו, כלומר על המשטח העליון שלו [רש"י, שפתי חכמים, גור אריה]. בשונה ממזבח העולה החיצוני, שיש בו הבחנה בין חלק עליון לתחתון, במזבח הזהב הפנימי אין חלוקה כזו, ולכן ההזאה נעשית על גופו ממש [רלב"ג].
מבחינה תחבירית, התורה הקדימה את המילה עָלָיו למילים מִן הַדָּם, כדי להדגיש שהדם חייב לגעת במזבח עצמו, ולא באפר או בגחלים שמונחים עליו [מלבי"ם, אילת השחר]. משום כך, הכהן היה חותה וגורף את הגחלים הצידה, כדי לחשוף את זהב המזבח ולהזות על המקום המגולה [תורה תמימה, צפנת פענח]. הכהן מבצע את ההזאות מתוך תערובת של דם הפר ודם השעיר, כשהוא טובל את אצבעו מחדש בכל הזאה [מלבי"ם]. הוא מתחיל להזות מהזווית הדרומית-מזרחית, המקום שבו סיים קודם לכן את נתינת הדם על קרנות המזבח [רלב"ג, רש"ר הירש], ומבצע את ההזאה בתנועת הצלפה, כענף המכה כלפי מטה, מבלי לכוון במדויק למעלה או למטה [פרדס יוסף].
פעולת הכהן נועדה להשיג מטרה כפולה: וְטִהֲרוֹ וְקִדְּשׁוֹ. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים יוצרת חלוקה של זמן: טהרה מן העבר, וקידוש לקראת העתיד [רש"י, ביאור יש"ר]. המזבח הפנימי נטמא בעקיפין כאשר אנשים נכנסו למקדש בטומאה [רד"צ הופמן], ופעולת ההזאה מנקה ומטהרת אותו מאותן טומאות שנבלעו בו [משכיל לדוד]. עם זאת, יש המציעים פירוש לשוני שונה למילה וְטִהֲרוֹ, ולפיו אין הכוונה לטהרה הלכתית מטומאה, אלא ללשון גילוי וניקיון, כמו שמיים בהירים ("כעצם השמים לטהר"), רמז לכך שהכהן פינה את הגחלים וגילה את פני המזבח [תורה תמימה].
באשר למילה וְקִדְּשׁוֹ המתייחסת לעתיד, מתגלעת מחלוקת מעניינת בין הפרשנים. יש המסבירים כי הקידוש לעתיד הוא למעשה אזהרה לבני ישראל שיזהרו מלטמא את המקדש שוב להבא [מזרחי, שפתי חכמים]. לעומתם, יש החולקים על כך וטוענים כי ברגע שהמזבח נטמא, פרחה ממנו קדושתו המקורית, ולכן יש צורך לקדש אותו מחדש ממש כפי שקודש לראשונה, כדי שכל מה שיועלה עליו בעתיד יתקבל ברצון [משכיל לדוד, מלבי"ם].
מעבר למעשה הפיזי, טמון כאן רעיון רוחני עמוק. סדר הפעולות מלמד שהטהרה היא תנאי מקדים המביא לידי קדושה [תורה תמימה]. נתינת הדם על קרנות המזבח מסמלת את ההתבצרות בפסגות המוסר, בעוד שבע ההזאות על גג המזבח מסמלות את נטיעת הקדושה האלוהית בתוך חיי המעשה הארציים [רש"ר הירש]. בכך, יום הכיפורים פועל בשני מישורים מקבילים: הוא מתקן את הפגמים הרוחניים שנוצרו בעולמות העליונים בעטיים של חטאי ישראל, ובמקביל מטהר את המציאות התחתונה [שפתי כהן].