מעבר המשכן ממצב נייח למסע במדבר דורש הכנה קפדנית, המדגישה את הגבול שבין הקודש לחול. תהליך הפירוק מתחיל בקודש הקודשים, שם ננקטת זהירות יתרה כדי להסתיר את הכלים המקודשים ביותר בטרם יציאתם לדרך.
המועד המדויק שבו מתחילים לארוז, בִּנְסֹעַ הַֽמַּחֲנֶה, נקבע על פי הסתלקות ענן ה' מעל המשכן [רש"י, ספורנו, הכתב והקבלה]. הסיבה לכך היא שעד להסתלקות הענן, חל איסור חמור להיכנס אל הקודש [ספורנו]. בנוסף, לא היה זה מכובד להמתין עד שדגל מחנה יהודה יתחיל את תנועתו הפיזית, שכן הדבר היה נראה כאילו תנועת השבטים היא שאילצה את פירוק המשכן ואריזת הארון [שפתי חכמים, מזרחי]. בפועל, מסע הלוויים נושאי הכלים התרחש רק לאחר ששני הדגלים הראשונים כבר יצאו לדרך [רשב"ם, גור אריה].
התפקיד מוטל באופן בלעדי על הכוהנים, וּבָא אַהֲרֹן וּבָנָיו, אשר נכנסים כדי להכניס כל כלי אל נרתיקו המיועד [רש"י, ברכת אשר]. מטרת פעולה זו היא למנוע מבני קהת הלויים, שתפקידם רק לשאת את הכלים, לגעת בקודש או לראות אותו [רש"י, רלב"ג]. פעולת האריזה וההכנה למסע איננה רק צורך טכני, אלא מהווה עבודת כהונה משמעותית בפני עצמה [רש"ר הירש]. מבחינה רעיונית, אהרון פועל כמעין "שושבין". בעוד שהכלים מוסתרים מעיני הציבור בחוץ, הם גלויים בפניו, ותפקידו הוא לכסות את פני ה"כלה" בטרם תצא [שפתי כהן].
הפעולה הראשונה היא וְהוֹרִדוּ אֵת פָּרֹכֶת הַמָּסָךְ, היא הפרוכת הפרוסה ומבדילה בין הקודש לבין קודש הקודשים, אשר תפקידה לסוכך ולהגן על הארון [אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ]. פרוכת זו, השייכת בעצמה לקודש, הופכת להיות המכסה הראשון שבו וְכִסּוּ־בָהּ אֵת אֲרֹן הָעֵדֻת [ביאור שטיינזלץ, חזקוני]. השלמת הכנת הארון כללה גם את סידור מוטות הנשיאה שלו, ומכיוון שחל איסור להסיר את הבדים מהארון לעולם, הפעולה לא הייתה הכנסתם מחדש, אלא רק תיקונם והכנתם לנשיאה [רש"ר הירש, דעת זקנים, מלבי"ם].
הפרשנים מסכימים כי קיים הבדל מהותי בין אופן כיסוי הארון לבין שאר כלי המשכן. בעוד שכל הכלים האחרים (כמו השולחן, המנורה והמזבחות) כוסו תחילה בבגד צבעוני ומעליו כיסוי של עור תחש שנועד להגן עליהם בדרכים, בארון הסדר היה הפוך. לאחר הפרוכת, הונח עור התחש, ומעליו נפרש בגד כליל תכלת, כך שהוא היה המכסה העליון והנראה לעין [רבנו בחיי, רש"ר הירש, מלבי"ם].
הבחירה בצבע התכלת למכסה העליון של הארון נושאת משמעויות עמוקות. התכלת מסמלת את עצם השמיים לטוהר ומרמזת לכיסא הכבוד. קדושתו של הארון כה עצומה, עד שהיא בוקעת גם מבעד לכיסויים, ודורשת מעטפת עליונה המבטאת קרבה אלוהית [רבנו בחיי, מלבי"ם, רש"ר הירש]. בנוסף, הצבע נחשב כסגולה להגנה מפני עין הרע [שפתי כהן], ומסמל את מידת הדין הכלולה בתורה שבכתב המונחת בארון [רקנאטי]. לשם השוואה, צבעי הכיסויים של שאר הכלים הותאמו גם הם למהותם: השולחן, המייצג את הקיום הפיזי, כוסה בבגד תולעת שני אדום המבטא את החיים החומריים, ואילו מזבח העולה כוסה בבגד ארגמן, המרמז לדם הקורבנות ולפחד יצחק [רש"ר הירש, רקנאטי, שפתי כהן].
מבעד לפרטים של כיסוי הכלים, מסתתר מסר רוחני. ההקפדה על הסתרת כלי הקודש מלמדת כי ה' חפץ שנפיץ את המודעות אליו דווקא ב"מדבר", בתוך עולם החול החומרי. אף על פי שהיציאה למסע דורשת את כיסוי ההארה הרוחנית העוצמתית של המשכן, עלינו לשאת את הארון והתורה שבתוכו עמנו תמיד. המודעות האלוהית חייבת ללוות אותנו גם אל תוך הרגעים האפלים ביותר של הגלות, ולהאיר אותם מבפנים [חומש קה"ת].