הכנת המנורה וכליה למסע במדבר דרשה היערכות ייחודית ושונה משאר כלי הקודש. בניגוד לארון הברית או לשולחן, אריזת המנורה ונשיאתה נעשו בשיטה מיוחדת שהותאמה למידותיה ולמבנה שלה.
השלב הראשון בהכנת המנורה היה הכנסתה אֶל מִכְסֵה עוֹר תָּחַשׁ. רוב הפרשנים מצביעים על שינוי לשוני בולט: בעוד שאצל שאר הכלים נאמר שפרסו עליהם את הכיסוי מלמעלה, כאן הכתוב מציין שהכניסו את המנורה "אל" המכסה. מכך נלמד שלא מדובר ביריעה שטוחה, אלא בכלי קיבול בעל חלל פנימי [שפתי חכמים, ברטנורא, משכיל לדוד, לבוש האורה]. כיסוי זה היה תפור כעין "מרצוף", שהוא שק עור גדול שבו נהגו סוחרים לארוז סחורות ותבלינים [רש"י, מזרחי]. אף על פי שצורתו כשל שק, הוא מכונה "מכסה" משום שמטרתו העיקרית הייתה להגן על הכלים ולכסותם מפני פגיעה במהלך המסע [גור אריה]. חשוב לציין כי שק זה יוצר במיוחד עבור המנורה, ואינו קשור ליריעות התחש הגדולות שכיסו את אוהל מועד כולו מלמעלה [מזרחי].
לאחר האריזה, הגיע שלב הנשיאה: וְנָתְנוּ עַל הַמּוֹט. הסיבה לשימוש במוט חיצוני היא שלמנורה לא היו טבעות קבועות שבהן הושחלו בדים (מוטות נשיאה קבועים), כפי שהיו לארון ולשולחן [אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ].
באשר לאופן הנשיאה המדויק על גבי המוט, קיימת מחלוקת מרתקת בין המפרשים. גישה אחת מסבירה שמדובר במוט יחיד שנישא על ידי שני לויים, כאשר שק העור ובתוכו המנורה היה תלוי תחתיו באמצעות וו או חבל, בדומה לאופן שבו נשאו המרגלים את אשכול הענבים. לפי פירוש זה, המילה "על" מתייחסת לוו או לחבל שנשענו על המוט [שד"ל, ביאור שטיינזלץ]. מנגד, יש הסבורים כי המנורה הונחה ממש על גבי המוט ממעל, ולא נתלתה תחתיו. הסיבה לכך היא מעשית: המנורה הייתה גבוהה מאוד (שמונה עשר טפחים), ואילו הייתה נתלית מתחת למוט, היא הייתה עלולה להיגרר על הארץ ולהיפגע [הדר זקנים]. דעה נוספת מציעה שהמוטות הונחו בצדי הכלים, כדרך משא רגיל שנישא על הכתף, והשימוש במילה "על" נובע מהתאמה דקדוקית לפועל "ונתנו" (הנחה), בעוד שפעולת הנשיאה עצמה מוגדרת כנשיאה "במוט" [רשב"ם].
רק לאחר שהמנורה נארזה בשק העור והונחה כראוי על המוט, הושלמה ההכנה, ואז זכו הלויים לגשת ולשאת אותה [ספורנו].