בלב נאום הפרידה של משה מופיעה לפתע פעולה מעשית קוטעת: הקדשת ערי מקלט לרוצחים בשגגה. שילוב המעשה בתוך רצף הדרשות נועד לגשר בין התורה העיונית לבין יישומה המעשי, ולהדגים את קדושת החיים ואת כוחה של התשובה.
הפרשנים עומדים על שאלת עיתוי הפעולה ושילובה בטקסט דווקא כאן. הגישה המרכזית [רשב"ם, ביאור יש"ר] מסבירה כי משה עמד לפרט את חוקי התורה, ובתוכם את הציווי על ערי המקלט בארץ כנען. לכן, הכתוב מקדים ומציין שמשה כבר סיים את חלקו והבדיל את הערים בעבר הירדן, ולכן לא יזדקק לצוות עליהן שוב. מעבר לכך, הפסקת הנאום לשם עשיית המעשה מוכיחה כי התורה אינה רק לימוד תיאורטי אלא דורשת יישום בפועל [העמק דבר, קונטרס חיבה יתירה], וכן נועדה לטעת בעם ביטחון ואמונה כי כיבוש הארץ המובטחת קרוב מתמיד [ספורנו, אברבנאל].
המילים אָז יַבְדִּיל מעוררות קושי דקדוקי, שכן המילה "אז" מתייחסת לרגע המיידי, בעוד המילה "יבדיל" מנוסחת בלשון עתיד. רוב הפרשנים [רש"י, מזרחי, גור אריה] מבארים כי הכוונה היא שמשה נתן את לבו והיה חרד ונלהב לקיים את המצווה מיד כשהדבר התאפשר במחשבתו וברצונו. מנגד, יש המפרשים זאת כפשוטו, שביום שבו הבדיל את הערים, אז גם אמר את דברי הברית [אבן עזרא]. מפרשים אחרים [רמב"ן, מלבי"ם] קושרים זאת להבנתו הסופית של משה כי תפילותיו להיכנס לארץ נדחו. ברגע שהפנים שזמנו קצר, בחר לאסוף את העם ולומר להם: הבה נקיים מיד מצווה שנמצאת כעת בהישג ידינו. גישה ייחודית [דעת זקנים, שפתי כהן] דורשת את המילה "אז" במשמעות של שירה (כמו "אז ישיר"). כאשר העם שמע שיש פתרון והצלה אפילו למי שנטל חיים בשגגה, הדבר עורר בהם שירה ונחמה לאחר דברי התוכחה הקשים ששמעו, שכן אם לרוצח יש תקנה, קל וחומר שלשאר החוטאים יש פתח לתשובה.
נקודה מרכזית שעליה מסכימים רוב הפרשנים [רש"י, רמב"ן, כלי יקר, רבנו בחיי, בכור שור] היא ששלוש הערים הללו כלל לא יכלו לקלוט רוצחים ולתפקד בפועל עד שיוקדשו שלוש הערים הנוספות בארץ כנען. למרות זאת, משה הזדרז לקבוע אותן כדי ללמדנו כלל יסוד: מצווה שבאה לידי אקיימנה. אדם נדרש להתחיל במצווה גם אם הוא יודע שלא יוכל לסיימה בעצמו, מתוך תקווה שהדורות הבאים אחריו ישלימו את המלאכה [כלי יקר, חומש קה"ת]. קיום של "חצי מצווה" אינו דבר ריק, אלא מוסיף לזכויותיו של האדם ומעיד על חיבתו למצוות [רבנו בחיי].
מעשה זה של משה מקביל למהות התורה עצמה. כשם שעיר המקלט מצילה את ההורג בשגגה מיד גואל הדם ומעניקה לו חיים, כך גם התורה משמשת כעיר מקלט רוחנית השומרת על הלומד בה מפני יצר הרע ומפני מלאך המוות [פני דוד, כלי יקר]. חוק זה גם מדגיש את ההשגחה הפרטית המדויקת של ה' ואת ערך חיי האדם, בניגוד לאמונות בגורל עיוור או במזל [רש"ר הירש, אלשיך].
לגבי מיקום הערים בְּעֵבֶר הַיַּרְדֵּן מִזְרְחָה שָׁמֶשׁ, מבחינה גיאוגרפית הכוונה היא פשוט לעבר הירדן המזרחי. המילה מִזְרְחָה מנוקדת בשווא תחת האות רי"ש (חטף) משום שהיא בסמיכות למילה שמש, ומשמעותה יחד היא "מקום זריחת השמש" [רש"י, גור אריה]. אולם, למיקום זה יש גם משמעות סמלית. המזרח מזוהה כמקום של גלות וחיפוש אחר חיים, כשם שאדם הראשון וקין גורשו מזרחה לאחר שחטאו [רבנו בחיי, דעת זקנים]. בנוסף, זריחת השמש משמשת מטאפורה להענקת חיים ותקווה לרוצחים בשגגה, שההגעה לעיר המקלט מצילה אותם מחשכת המוות ומאירה להם פנים [תורה תמימה, שפתי כהן].