מערכת המידות האלוהיות מציגה איזון עדין ומורכב בין רחמים אינסופיים לבין משפט וצדק. הנהגת ה' בעולם משלבת חסד הנשמר לאורך אלפי שנים, יחד עם השלכות בין דוריות של מעשי האדם, תוך הבחנה מדויקת בין סוגי החטאים השונים ורמת הכוונה שבהם.
המילים נֹצֵר חֶסֶד לָאֲלָפִים מבטאות את שמירת הזכויות. ה' שומר את זכות האבות למען בניהם [ספורנו], או נוצר ושומר את השכר על המעשים הטובים שהאדם עצמו עושה לפניו, מבלי לנכות ולחסר מהם [רש"י, מזרחי, דברי דוד]. החסד הזה נשמר לאלפי דורות, ויש המדייקים כי מדובר בשני אלפים [רש"י] או עד הדור האלף [ביאור יש"ר, פענח רזא]. מתוך כך עולה כי מידת הטוב של ה' גדולה פי חמש מאות ממידת הפורענות, המוגבלת לארבעה דורות בלבד [רש"י, שפתי חכמים, גור אריה].
בהמשך, ה' מוגדר כנֹשֵׂא עָוֺן וָפֶשַׁע וְחַטָּאָה. הפרשנים מסכימים כי מילים אלו מתארות שלוש רמות שונות של חטא: עָוֺן הוא חטא שנעשה במזיד ומתוך תאווה ויצר הרע; פֶשַׁע הוא חטא חמור יותר שנעשה במרד ובהכעסה כנגד ה'; ואילו חַטָּאָה היא שגגה, החטאת המטרה וטעות [רש"י, ספורנו, רלב"ג, הדר זקנים]. מנגד, יש הסבורים כי אלו פשוט מילים נרדפות שנועדו להקיף את כל סוגי החטאים [קאסוטו].
משמעות הפועל נֹשֵׂא מתפרשת בכמה דרכים: ה' נושא ומגביה את כף המאזניים של העוונות כדי שכף הזכויות תכריע [ריב"א], או כביכול עושה עצמו שוכח את החטא כדי להקל בדין [תורה תמימה, פרדס יוסף]. גישה אחרת מסבירה שה' פשוטו כמשמעו "סובל" ונושא את משא החטא כדי שלא יכריע וישמיד את החוטא מיד [בכור שור, אם למקרא]. על פי תורת החסידות, בעת התשובה ה' נושא ומעלה את ניצוצות הקדושה החבויים בתוך החטא עצמו, והזכרת החַטָּאָה (שגגה) מלמדת שגם על טעויות ללא כוונה יש לעשות תשובה, שכן הן מעידות על חוסר זיכוך פנימי [חומש קה"ת].
סדר המילים מעורר עניין, שכן משה כביכול מבקש שה' יסלח לזדונות ולמרידות כאילו היו שגגה [תורה תמימה], ויש המסבירים שזו משמעות האות וי"ו במילה וְחַטָּאָה שהיא משמשת כהשתוות, כלומר שה' סולח לעוון ולפשע בהשוואה לשגגה [הכתב והקבלה].
הביטוי וְנַקֵּה לֹא יְנַקֶּה מציג כפילות שזכתה לשני כיווני פירוש עיקריים. על פי הפשט, ה' אינו מוותר על העוון ומוחק אותו לגמרי, שכן הרחמים אינם חולשה ועיוות הצדק [קאסוטו], אלא הוא נפרע מן החוטא מעט מעט בהדרגה, כמו אב המייסר את בנו [רש"י, העמק דבר, ביאור יש"ר]. הגישה המדרשית, לעומת זאת, דורשת את הכפילות על פי אלמנט התשובה: ה' מנקה לגמרי את מי ששב בתשובה, אך אינו מנקה את מי שאינו שב [רש"י, ספורנו, תורה תמימה, נתינה לגר].
הפסוק נחתם במידה פֹּקֵד עֲוֺן אָבוֹת עַל בָּנִים וְעַל בְּנֵי בָנִים עַל שִׁלֵּשִׁים וְעַל רִבֵּעִים. הפרשנים מסכימים פה אחד כי ה' מעניש בנים על חטאי אבותם אך ורק כאשר הבנים אוחזים במעשי אבותיהם וממשיכים בדרכם הרעה [רש"י, רבנו בחיי, ריב"א]. העונש מוגבל לארבעה דורות מתוך הנחה שזהו גבול חייהם של אנשים המאריכים ימים, היכולים לראות את צאצאיהם עד הדור הרביעי [רבנו בחיי, פרדס יוסף].
באופן מפתיע, רבים מן הפרשנים רואים גם בפקידת העוון על הבנים סוג של מידת רחמים. במקום להעניש את החוטא בחומרה ולהכחידו מיד, ה' ממתין בסבלנות [ספורנו] ומחלק את משא העונש הכבד על פני מספר דורות, כדי שהאדם והעולם יוכלו לשאת זאת ולהתקיים [כלי יקר, חזקוני, ביאור יש"ר]. לבסוף, יש המצביעים על כך שפקידת עוון האבות פועלת גם כחוק טבע, שבו תכונות, חסרונות והשלכות של מעשי ההורים עוברים באופן טבעי לדורות הבאים [אם למקרא].