תהליך הבריאה מתקדם ממצב של תוהו חסר צורה למציאות מסודרת באמצעות פעולה של הבדלה. מימי הבראשית הקדמונים, שהקיפו את הכל, מפוצלים כעת לשתי מהויות נפרדות, ובכך נוצר החלל המאפשר את קיום העולם הפיזי המוכר לנו. תהליך פיזיקלי ומסודר זה בא במקומו של התוהו, ובניגוד גמור לאגדות העמים הקדומות שתיארו את יצירת השמים והארץ כתוצאה של מלחמה בין אלים ומפלצות [קאסוטו].
המילה רָקִיעַ נגזרת מן השורש רקע, והיא מתארת דבר מרודד, מתוח ושטוח, בדומה ליריעת אוהל הנמתחת או לפח מתכת שמכים עליו ומרחיבים אותו [רשב"ם, אבן עזרא, שד"ל, רמב"ן, רד"ק, הטור, קאסוטו]. באשר למהותו של אותו רקיע, נחלקו המפרשים למספר גישות מרכזיות:
גישה אחת מסבירה כי הרקיע הוא מעטפת האוויר הסובבת את כדור הארץ, החלל שבו נוצרים העננים, הגשמים ותופעות מזג האוויר [אבן עזרא, שד"ל, רד"ק, מלבי"ם, יש"ר, רש"ר הירש]. גישה שנייה גורסת כי הרקיע מתייחס למערכת הגרמים השמימיים והגלגלים שבהם קבועים הכוכבים [ספורנו, מזרחי, רלב"ג, אברבנאל]. גישה שלישית מציעה כי השמים למעשה כבר נבראו ביום הראשון, אך הם היו במצב לח, נוזלי ורופף. הציווי ביום השני נועד לחזק, למצק ולהקריש אותם כדי שיעמדו יציבים [רש"י, רמב"ן, ברטנורא, תורה תמימה, שפתי חכמים, לבוש האורה, חזקוני]. דעה נוספת ומייחדת מציינת כי הרקיע אינו גוף ממשי כלל, אלא מראה עיניים אופטי שנוטה לצבע תכלת [קונטרס חיבה יתירה].
הציווי קובע כי הרקיע ימוקם בְּתוֹךְ הַמָּיִם. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהכוונה למיקום הנמצא בדיוק באמצע, כך שהמרחק בין הרקיע למים שעל פני הארץ שווה למרחק שבין הרקיע למים העליונים שמעליו [רשב"ם, רמב"ן, מזרחי, גור אריה, רש"י, תורה תמימה]. עם זאת, יש המפרשים שהמילה "בתוך" אינה מחייבת אמצע מתמטי מדויק, אלא מציינת שהרקיע חוצץ ומהווה מחיצה בין שני חלקי המים, גם אם הוא קרוב יותר לאחד מהם [לבוש האורה].
פעולתו של הרקיע היא להיות מַבְדִּיל בֵּין מַיִם לָמָיִם. כיצד נשארים המים העליונים תלויים ממעל? יש המסבירים זאת כנס מתמיד; המים העליונים אינם נשענים על גוף הרקיע, אלא תלויים באוויר בניגוד לטבע, רק מכוח מאמרו וגזירתו של ה' [רמב"ן, רד"ק, מזרחי, רלב"ג, תורה תמימה, צאינה וראינה, רש"י]. צמצום ההבדלה בין המים היה מדויק מאין כמותו, בשיעור של חוט השערה, דבר המעיד על יכולת הצמצום האלוהית שאינה קיימת בבשר ודם [תורה תמימה, אברבנאל]. לעומתם, גישה טבעית יותר מסבירה כי "המים העליונים" הם למעשה האדים, הלחות והעננים המרחפים באוויר, אשר עולים מן הים ויורדים חזרה כגשם על פי חוקי הטבע שה' טבע בבריאה [שד"ל, רד"ק, מלבי"ם, רש"ר הירש].
מעבר למשמעות הפיזית, הבדלת המים טומנת בחובה גם רובד רוחני ומוסרי. המים העליונים מסמלים את מידת החסד, ההשפעה הרוחנית והזכרות, בעוד המים התחתונים מסמלים את מידת הדין, הקבלה והנקבות [רקנאטי, צרור המור, מלבי"ם, נחלת יעקב]. מבחינה מוסרית, מתואר כי בשעת הבריאה השמים והמים הלכו והתרחבו ללא גבול, עד שה' גער בהם והעמידם במקומם. תכונה זו הוטבעה גם באדם, שנוטה להרחיב את תאוותיו ומעשיו ללא גבול, ועליו ללמוד ממעשה הבראשית לעצור ולהציב לעצמו גבולות באמצעות התורה וגזירת ה' [כלי יקר].
הפרשנים עומדים על כך שביום השני לא נאמר "כי טוב", בניגוד לשאר ימי הבריאה. הסיבה המרכזית לכך היא שמלאכת המים לא נסתיימה ביום זה, אלא רק ביום השלישי, ולכן הברכה המתינה להשלמת הפעולה [רשב"ם, רלב"ג, צאינה וראינה, אלשיך]. הסברים נוספים קושרים את החיסרון בכך שביום זה נבראה המחלוקת בעולם מעצם פעולת ההבדלה והפיצול, וממחלוקת לא יוצא דבר טוב; ויש המוסיפים כי ביום זה נברא הגיהינום [כלי יקר, רלב"ג, צאינה וראינה, אברבנאל].