היום השלישי לבריאה מסמן תמורה דרמטית במעשה בראשית – המעבר מחומר דומם להופעתם של החיים. אף על פי שנפש הצומח נחשבת נמוכה מנפש החי והאדם, טמונים בה יסודות החיים עצמם: הישרדות, צמיחה ורבייה. הבריאה כולה, ובתוכה עולם הצומח, נבראה מיד בצורתה השלמה והבוגרת, מתוך חזון של שלמות הקובע סדר מופתי של מינים נפרדים במקום ערבובייה חסרת צורה.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהצמחים לא יצאו מכוחה העצמי של האדמה, אלא אך ורק מכוח הציווי האלוהי. עם זאת, קיים פער מסקרן בין הציווי המקורי לבין האופן שבו הארץ ביצעה אותו בפועל.
כאשר הכתוב מתאר כי וַתּוֹצֵא הָאָרֶץ את הדֶּשֶׁא עֵשֶׂב, ניכרת תוספת של המילה לְמִינֵהוּ, שלא הופיעה בציווי המקורי כלפי הדשאים. הפרשנים מסבירים כי הדשאים הסיקו זאת בעצמם באמצעות "קל וחומר" [רש"י, מזרחי, שפתי חכמים]: הם התבוננו באילנות הגדולים, שגדלים במרחק זה מזה וקל לזהותם, וראו שהם נצטוו לצאת למיניהם. מכך הסיקו הדשאים – שהם קטנים, צפופים ונוטים להתערבב – שעל אחת כמה וכמה שעליהם לצאת מופרדים לפי מינים כדי שיהיה ביניהם היכר. את הציווי הזה הם "שמעו" דרך המזל הרוחני שלהם בשמיים, או שעצם החומר של האדמה הפנים את רצון הבורא בשעת המאמר [גור אריה, לבוש האורה]. למרות בקיעתם מהאדמה, הדשאים נעצרו על פני הקרקע והמתינו לבריאת האדם הראשון שיתפלל על הגשם, כדי ללמד שה' מתאווה לתפילתם של צדיקים [תורה תמימה].
לעומת הדיוק של הדשאים, ביחס לעצים מזהים הפרשנים חריגה מהציווי. ה' ציווה על הוצאת "עץ פרי" – עץ שטעם העצה שלו זהה לטעם הפרי עצמו. אולם, בפועל יצא וְעֵץ עֹשֶׂה פְּרִי – עץ שרק מצמיח פירות, אך גזעו וענפיו חסרי טעם. הפרשנים מציעים מספר הסברים לשינוי מהותי זה:
יש המסבירים [הטור הארוך, שפתי כהן] כי הארץ חששה שאם העץ עצמו יהיה טעים כפרי, בני האדם יאכלו את העצים כולם ויביאו להכחדת המין. בנוסף, דווקא עץ יבש שחוזר להצמיח פירות בכל שנה, בניגוד לטבע החומר, מעיד על גדולת הבורא יותר מאשר עץ שהוא כולו מאכל.
גישה אחרת [אור החיים] מציעה שהארץ לא מרדה, אלא דקדקה יתר על המידה ופיצלה את הבריאה לשלושה סוגים: עצים עושי פרי, אילנות סרק שרק דומים לעצי פרי, ועץ אחד שבו טעם העץ היה כטעם הפרי – עץ הדעת.
מנגד, יש הטוענים [ברטנורא] כי לא שייך לייחס בחירה חופשית או מרידה לאדמה. לשיטתם, האדמה נבראה עם הפוטנציאל להצמיח עצים שטעמם כטעם הפרי באמצעות עבודת האדם וטיפוחו. רק לאחר חטא אדם הראשון, כשהאדמה נתקללה, ניטל ממנה וממנו הכוח הזה. יש אף המציינים כי טרם הקללה, גם אילנות הסרק הניבו פירות [תורה תמימה].
הדגשת הכתוב אֲשֶׁר זַרְעוֹ בוֹ לְמִינֵהוּ מצביעה על חוכמת הבריאה והביולוגיה של הצומח. הכפלת המילה באה לרמז על כך שהאילנות מתחלקים לזכר ונקבה, וזקוקים זה לזה כדי להתרבות ולהפיק זרע [מלבי"ם]. החלוקה הברורה למינים מהווה גם את התשתית לאיסור הכלאיים; הרכבת שני מיני אילנות שונים יוצרת מין חדש ומהווה התערבות ופגיעה בסדר האלוהי המקורי [רד"ק].
הפסוק נחתם באמירה וַיַּרְא אֱלֹהִים כִּי טוֹב. ביום השלישי מוכפלת אמירה זו, משום שבו הושלמו שתי פעולות משמעותיות: חשיפת היבשה ובריאת הצומח, וכן משום שביום זה נברא גן עדן [קאסוטו, חזקוני]. המושג "טוב" מבטא כאן את הקיום הנצחי של המינים [רמב"ן], ואת התועלת העצומה של הצומח לאדם – למזון, ללבוש ולבניין. יתרה מכך, גם עשבים וצמחים הנראים כרעילים או מזיקים נכללים ב"טוב", שכן בשימוש נכון הם משמשים כתרופות חזקות ומועילות לחוליים קשים [רב סעדיה גאון, רד"ק]. הפיכת החומר הדומם לצומח חי, גם אם היא כרוכה באובדן צורת הדומם, נחשבת לטובה משום שהיא מעלה את הבריאה כולה למדרגה רוחנית וקיומית גבוהה יותר [מלבי"ם].