בראשית התהוות העולם, כאשר היסודות היו מעורבים זה בזה, התרחש תהליך קוסמי של סדר וארגון. פעולת ההבדלה בין המים העליונים לתחתונים אינה רק פעולה פיזית של חלוקת חומר, אלא יצירת חיץ מהותי המעצב את המבנה הפיזי והרוחני של המציאות כולה.
המילה וַיַּעַשׂ מעוררת פליאה, שכן כבר נאמר קודם לכן שה׳ דיבר באומרו "יהי רקיע". כפי שהקשה התנא בן זומא, הרי במקום אחר נכתב "בדבר ה׳ שמים נעשו", ואם כן מדוע נדרשת כאן עשייה בפועל לאחר הדיבור [רמב"ן, אור החיים, משכיל לדוד]. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמשמעות ה"עשייה" כאן אינה בריאה של יש מאין, אלא לשון של תיקון, ביסוס, שכלול והעמדת הדבר על מתכונתו הסופית והראויה [רש"י, רמב"ן, רד"ק, בכור שור, ביאור יש"ר]. כלומר, הרקיע שכבר נברא ביום הראשון קיבל עתה את תפקידו וצורתו המוגמרת. מנגד, יש המבארים כי המונחים "אמירה", "בריאה" ו"עשייה" בתורה הם כולם ביטויים נרדפים המבטאים את רצונו המוחלט של ה׳ [רס"ג], או שחזרה זו על דברי הציווי בלשון עשייה היא פשוט חלק מסגנון הסיפור המקראי הרגיל [קאסוטו].
הפעולה המרכזית בפסוק היא וַיַּבְדֵּל. מבחינה פיזית וטבעית, הרקיע נועד לשמש כמחסום המונע מהמים העליונים, שהפכו לטבע של אדים, לרדת ולהתערבב בחזרה עם המים התחתונים. כך מתאפשרת לימים היווצרות של תופעות טבע כמו גשם, שלג וברד מתוך אותם אדים [ספורנו, שד"ל]. אולם, להבדלה זו ישנו גם רובד רוחני עמוק. יש המפרשים כי זהו נתק שנוצר בין המציאות החומרית לזו הרוחנית, שמעתה יתקיימו זו בצד זו כישויות נפרדות [ביאור שטיינזלץ, אדרת אליהו]. גישה נוספת רואה בכך הבדלה בין הנהגת השגחה פרטית וחסד אלוהי, המיוצגת על ידי המים העליונים, לבין הנהגת הטבע והמזלות המיוצגת על ידי המים התחתונים [העמק דבר]. תהליך זה שינה את טבעם של המים לחלוטין, כך שהמים העליונים הפכו לרוחניים ודקים, בעוד התחתונים נותרו גשמיים [מלבי"ם].
הכתוב מדייק להשתמש בביטוי מֵעַל לָרָקִיעַ ולא במילה "על". מכאן למדו הפרשנים שהמים העליונים אינם מונחים ונשענים פיזית על גבי הרקיע, אלא הם תלויים ועומדים באוויר שמעליו מכוח מאמרו של ה׳ בלבד, דבר המהווה נס וחידוש עצום בבריאה [רש"י, מזרחי, גור אריה, דברי דוד, חתם סופר].
בסיום הפסוק מופיעה הקביעה וַיְהִי־כֵן. מיקומה של קביעה זו חריג, שכן בשאר ימי הבריאה היא מופיעה מיד לאחר ציווי ה׳ ("ויאמר... ויהי כן"), ואילו כאן היא נכתבה רק לאחר תיאור העשייה. הפרשנים מסבירים כי מטרת התוספת היא להדגיש את הנצחיות של חוקיות זו. אף על פי שהפרדת המים ותלייתם באוויר מנוגדות לטבע החומר, המצב הזה התקבע, נשאר קיים באורח פלא, ונשמר לכל ימי עולם [רמב"ן, ספורנו, רד"ק, חזקוני]. דעה שונה וחריגה מציעה כי מילים אלו מחוברות רעיונית לפסוק הבא, כלומר: כאשר המצב אכן התקבע כפי שתוכנן, ה׳ קרא לאותו רקיע בשם "שמים" [אבן עזרא].
העיסוק בפסוק זה מציף באופן טבעי את אחת השאלות המפורסמות ביותר לגבי היום השני בבריאה: מדוע לא נאמר בו "כי טוב"? הפרשנים מסכימים כי התשובה נעוצה בכך שמלאכת המים לא נסתיימה ביום השני, אלא רק ביום השלישי כאשר נקוו המים ונוצרה היבשה. מכיוון שדבר שאינו גמור אינו נחשב במלוא שלמותו וטובו, המתינה התורה ליום השלישי, בו נאמר "כי טוב" פעמיים – פעם אחת על סיום מלאכת המים של היום השני, ופעם שנייה על מלאכת היום השלישי עצמו [רש"י, מזרחי, בכור שור]. הסברים נוספים קושרים את היעדר הברכה לעצם מהותה של ה"הבדלה", המרמזת על פירוד, מחלוקת וקנאה בין המים העליונים לתחתונים, או למסורת שביום זה נבראה האש של הגיהינום, ולפיכך אין זו עת הראויה לשמחה שלמה ולהכרזה כי המצב "טוב" [רס"ג, חזקוני, ברכת אשר, יריעות שלמה].