בטרם ציווי זה, כדור הארץ היה שקוע לחלוטין במים, והגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שהעפר והמים היו מעורבבים יחד כעין בוץ סמיך ועכור [רמב"ן, טור, רבנו בחיי]. לכן, הפעולה המתוארת כאן איננה בריאה של יש מאין, אלא תהליך של ארגון מחדש, הפרדה וחשיפה של דבר שכבר היה קיים [רשב"ם, אבן עזרא, אור החיים, חזקוני].
המילה יִקָּוּוּ מתפרשת בקרב רוב הפרשנים כלשון אסיפה, חיבור וקיבוץ של המים [אבן עזרא, רד"ק, רס"ג]. עם זאת, פרשנים אחרים גוזרים את המילה מהשורש ק"ו, ומסבירים כי ה' מתח קו וגבול מוגדר שבו המים צריכים לעמוד, או שהמים נעו במסלול ישר ומדויק אל יעדם [שד"ל, מלבי"ם, רש"ר הירש, אברבנאל]. גישה מדרשית נוספת קושרת את המילה לשורש של תקוה והמתנה, ומבארת כי המים הוגבלו כעת, אך הם ממתינים לזמן שבו ישובו ויציפו את העולם, כפי שאכן קרה בדור המבול [רבנו בחיי, מלבי"ם, קונטרס חיבה יתירה].
הפרשנים מסכימים כי פעולת היקוות המים הייתה נס גלוי המנוגד לחוקי הטבע. טבעם של המים הקלים הוא להתפשט ולכסות את יסוד העפר הכבד, אך ה' גזר עליהם לסגת ולהצטמצם, תוך שהוא מציב להם גבול בל יעבור, ובכך הפגין את שליטתו המוחלטת על הים הגדול והמאיים [ספורנו, רמב"ן, רבנו בחיי, שד"ל, רס"ג]. כדי לאפשר את נסיגת המים, יש המסבירים כי הארץ הייתה תחילה שטוחה לחלוטין כבקעה, ובמאמר ה' התרוממו הרים ושקעו עמקים עמוקים שאליהם התגלגלו המים [אור החיים, רד"ק, רא"ש, קונטרס חיבה יתירה]. ניסוח הפסוק, המדגיש את הציות המיידי והשקט של המים, נועד גם לשלול השקפות אליליות קדומות שייחסו לים כוח עצמאי או תיארו אותו כמורד בבורא [קאסוטו, קונטרס חיבה יתירה].
היעד שאליו זרמו המים מוגדר כאֶל מָקוֹם אֶחָד. בעוד שחלק מהפרשנים מזהים מקום זה באופן ספציפי עם הים הגדול, הוא אוקיינוס [רש"י, מזרחי, דברי דוד], אחרים מדגישים כי אין הכוונה לנקודה גיאוגרפית אחת בלבד. המים נאספו למקומות שונים הכוללים ימים, נהרות, נחלים ומעיינות תת-קרקעיים, אך כולם מחוברים זה לזה ומהווים מערכת אקולוגית אחת שמטרתה, בין היתר, לספק מים מתוקים לצרכי האנושות והחי [העמק דבר, רד"ק, ביאור יש"ר, אברבנאל].
בעקבות נסיגת המים, ההוראה היא וְתֵרָאֶה הַיַּבָּשָׁה. המילה יבשה מתארת חומר מוצק, קשה וחרב, העומד בניגוד לטבעם הממיס והשוטף של המים [שד"ל, רש"ר הירש]. תהליך זה כלל את הפרדת יסוד העפר מן המים, כך שהאדמה צפה ועלתה, התייבשה, והפכה למקום הראוי ליישוב ולגידול הצומח והחי שעתידים להיברא מיד לאחר מכן [רמב"ן, מלבי"ם, רלב"ג, אברבנאל].