בריאת העולם עוברת בשלב זה ממצב של תערובת חסרת צורה למציאות של גבולות ברורים, שבה כל יסוד מקבל את מקומו, מהותו ושמו הייחודי. הפעולה של וַיִּקְרָא אֱלֹהִים איננה מתמצית רק בהענקת כינוי, אלא בקביעת ייעוד, במתן קיום עצמאי למה שהיה עד כה מובלע בתוך המים, ואף בהטלת ציווי על היבשה שלא להתפשט עוד מעבר לגבולה [אור החיים, קאסוטו, ביאור שטיינזלץ, רש"ר הירש]. יתרה מכך, הקריאה בשם היא הזמנה והכנה של הארץ לקראת תפקידה להצמיח פירות [רקנאטי].
בקריאת השם לַיַּבָּשָׁה אֶרֶץ, ה׳ מצמצם וממקד את המושג "ארץ". בעוד שבפסוק הראשון של ספר בראשית מילה זו כללה את כל היסודות החומריים שמתחת לשמים (מים, רוח ועפר), כעת השם מיוחד אך ורק לחלק היבש והנגלה [רמב"ן, רשב"ם, מלבי"ם, ביאור יש"ר]. מטרת ההפרדה וקביעת השם היא הכנת הקרקע לייעודה המרכזי: להיות מקום יישוב ראוי לבני האדם, לאפשר את התפתחותן של תרבויות שונות, ובסופו של דבר להוות את הבסיס לגילוי הנוכחות האלוהית בעולם [ספורנו, רמב"ן, מלבי"ם, חומש קה"ת].
באשר לביטוי וּלְמִקְוֵה הַמַּיִם קָרָא יַמִּים, פרשנים רבים מדגישים כי המילה "ים" אינה מתארת את המים עצמם, אלא דווקא את הקרקעית, החפירה ובית הקיבול העמוק שבו המים נאגרים [רמב"ן, רד"ק, רבנו בחיי, תולדות יצחק]. כאן מתעוררת מחלוקת פרשנית סביב השאלה מדוע הפסוק משתמש בלשון רבים, יַמִּים, שהרי בפסוק הקודם נאמר שהמים נקוו "אל מקום אחד". גישה אחת מסבירה שזהו ריבוי פיוטי, או הלחם של המילים "ים מים", או שעל אף החיבור הכללי של המים, בפועל קיימים ימים ואוקיינוסים רבים המחלקים את היבשות [קאסוטו, רמב"ן, תולדות יצחק, אבן עזרא, רש"ר הירש].
לעומת זאת, גישה מרכזית אחרת, הנשענת על מדרש חז"ל, מסבירה שהריבוי נובע מהשוני האיכותי שנוצר במים במקומות שונים. אף על פי שמקור המים הוא אחד, הם משתנים בהתאם לקרקע ולאזור שבו הם נמצאים, ולכן "אינו דומה טעם דג העולה מעכו לטעם דג העולה מאספמיא". כלומר, לכל אזור ימי יש טבע, הרכב ואיכות משלו המצדיקים קריאה בלשון רבים [רש"י, מזרחי, לבוש האורה, מחוקקי יהודה]. בנוסף, השימוש במילה "מקוה" אינו מקרי, והוא נושא משמעות הלכתית המבחינה בין מי ימים (המוגדרים כמקווה) לבין מי מעיינות נובעים (המוגדרים כמים חיים) לענייני טהרה [תורה תמימה, דברי דוד].
הפסוק נחתם באמירה וַיַּרְא אֱלֹהִים כִּי טוֹב. הפרשנים מסכימים כי כאן באה לידי השלמה מלאכת הבדלת המים שהחלה ביום השני (שבו לא נאמר "כי טוב" משום שהמלאכה טרם נגמרה). רק עתה, משהופרדו המים והיבשה נוצר סדר מתוקן בעולם. למרות שפיצול המבנה המקורי של תערובת המים והעפר נראה כביכול כחורבן של הצורה הראשונית, ה׳ רואה בכך "טוב", משום שרק מתוך ההפרדה הזו מתאפשרים מחזור הגשמים, צמיחת הצומח וקיום החיים, והעולם צועד אל עבר תכליתו השלמה [שד"ל, רמב"ן, מלבי"ם, אור החיים, ביאור שטיינזלץ, רש"ר הירש].