פרעה נכה מבסס את שליטתו האימפריאלית על ממלכת יהודה באמצעות התערבות ישירה בהנהגתה. הוא מדיח את המלך המכהן וממנה תחתיו את אחיו, צעד שנועד לעצב את המלוכה המקומית כך שתשרת את האינטרסים של מצרים.
החלפת השלטון וסילוקו של יהואחז לא נבעו בהכרח מאישיותו או מהתנהגותו של המלך המודח, אלא מרצונו של פרעה להפגין את שררתו ושלטונו, שכן לא הוא זה שהמליך את יהואחז מלכתחילה [ביאור שטיינזלץ]. בחירתו של פרעה דווקא באליקים בן יאשיהו למלך החדש נבעה מכך שהוא היה האח הגדול [אברבנאל].
עם המלכתו, פרעה משנה את שמו של אליקים: וַיַּסֵּב משמעותו שינה [מצודת ציון]. פרעה מעניק לו שם מלכות חדש, יהויקים [ביאור שטיינזלץ]. מטרת החלפת השם הייתה להמחיש כי המלך נתון תחת רשותו המוחלטת של פרעה וכי המלוכה ניתנה לו מאתו, אף שהשם עצמו מעיד כי ה' לא מאס בו [רד"ק]. במקביל, וְאֶת־יְהוֹאָחָז לָקַח פרעה בשבי למצרים, שם סיים את חייו [ביאור שטיינזלץ].
תקופת שלטונו של יהויקים לוותה בשעבוד כלכלי ובהידרדרות מוסרית. כדי לרצות את פרעה, יהויקים הטיל מסים על תושבי הארץ ואסף מכל איש ואיש כסף כמעין תשלום על המלכתו הקודמת של יהואחז. בנוסף, דמותו של יהויקים מתוארת במסורת חז"ל בשלילה מוחלטת, והם הפליגו בתיאור תועבותיו. על פי המדרש, הוא נהג ללבוש בגדי כלאיים, משך את עורלתו כדי לטשטש את ברית המילה שלו, וביצע מעשי גילוי עריות חמורים ביותר עם אמו, כלתו ואשת אביו [אברבנאל].