גילוי ספר התורה, אשר הכיל אזהרות חמורות מפני עבודה זרה, הניע את המלך יאשיהו לפעול באופן מיידי ובכל כוחו כדי לבער את האלילות מן הממלכה [מלבי"ם]. תהליך הטיהור החל במוקד הרוחני החשוב ביותר – בית המקדש.
לשם כך, המלך מצווה על הצמרת הדתית והניהולית של המקדש. הוא פונה אל חלקיהו הכהן הגדול, ולצידו אל כֹּהֲנֵי הַמִּשְׁנֶה, שהם סגני הכהנים והשניים במעמדם לכהן הגדול, דוגמת משוח המלחמה והכהנים הנמשכים אחריו בסדר המדרגות [רש"י, רד"ק, רלב"ג, מצודת דוד, אברבנאל, ביאור שטיינזלץ]. עמהם נצטוו גם שֹׁמְרֵי הַסַּף, תפקיד שמרבית הפרשנים מזהים כשוערים, או כגזברים והאמרכלים שהחזיקו במפתחות העזרה והיו ממונים על צורכי המקדש ושמירת הכלים [רש"י, מצודת ציון, אברבנאל].
תפקידם היה להוציא מן ההיכל אֵת כׇּל־הַכֵּלִים הָעֲשׂוּיִם לַבַּעַל וְלָאֲשֵׁרָה וּלְכֹל צְבָא הַשָּׁמָיִם, כלי עבודה זרה שנשמרו במקדש מימים עברו [ביאור שטיינזלץ]. עצם הימצאותם של כלים אלו בהיכל ה' מעוררת תמיהה, שכן המלך מנשה כבר עשה תשובה בימיו והסיר את אלוהי הנכר מבית ה'. אולם, ההסבר המקובל הוא שבנו אמון החזיר את האלילים למקדש, ואף שיאשיהו החל לטהר את הארץ כבר בשנת שתים עשרה למלכותו, המלאכה לא הושלמה עד מציאת הספר בשנת שמונה עשרה [רד"ק]. מנגד, גישה רעיונית שונה לחלוטין מציעה כי יאשיהו עצמו הוא שהכניס את כל הגילולים הללו להיכל באותו הרגע באופן יזום, כדי לקיים תשובה שלמה של "באותו מקום ובאותו מעשה". מטרתו הייתה להכניסם למקום הקדוש רק כדי למאוס בהם ולסלקם משם באופן הפגנתי [אהבת יהונתן].
לאחר הוצאת הכלים, המלך דואג להשמדתם המוחלטת ושורף אותם מחוץ לירושלים בְּשַׁדְמוֹת קִדְרוֹן, אזור המזוהה על ידי הפרשנים כשדות והמישורים הסמוכים לנחל קדרון [רש"י, רד"ק, רלב"ג, מצודת ציון, אברבנאל, ביאור שטיינזלץ].
לבסוף, אפר הכלים השרופים נלקח הרחק מירושלים: וְנָשָׂא אֶת־עֲפָרָם בֵּית־אֵל. הפרשנים מסכימים כי בחירת היעד אינה מקרית. העיר בית אל הייתה מוקד הטומאה המרכזי וההיסטורי של העבודה הזרה, המקום שבו העמיד ירבעם את עגל הזהב. הבאת האפר לשם נועדה לטמא עוד יותר את המקום הפסול ממילא, ולערבב את אפר אלילי ירושלם עם עפר העבודה הזרה של בית אל [רש"י, רד"ק, מצודת דוד, אברבנאל, צאינה וראינה, ביאור שטיינזלץ]. ברובד עמוק יותר, פיזור האפר בבית אל נועד להעביר מסר תיאולוגי נוקב לעובדי הכוכבים: כשם שהעולם כולו נברא מעפר, כך גם צבא השמים והשמש הנערצים עליהם אינם אלא עפר, וסופם לחזור להיות אפר מושפל על הארץ [אהבת יהונתן].