משל הכרם מגיע לנקודת השבר הסופית שלו. לאחר שהטיפול המסור והאוהב בכרם נכשל והניב פירות באושים, בעל הכרם גוזר עליו עונש של נטישה מוחלטת והרס אקטיבי. בשלב זה של הנבואה נחשפת זהותו האמיתית והאלוהית של בעל הכרם, שכן פעולותיו חורגות לחלוטין מיכולותיו של אדם בשר ודם.
הפרשנים מסכימים כי המילה וַאֲשִׁיתֵהוּ מצביעה על החלטה אלוהית לקבוע את המקום באופן מוחלט ולמשך ימים רבים [מלבי"ם] למצב של בָתָה. משמעות מילה זו היא אזור של שממה, ריקנות וגידולי פרא, שאינו ראוי עוד לבנייה או לעבודה חקלאית [רש"י, שד"ל, מלבי"ם, רד"ק].
נטישת הכרם באה לידי ביטוי בהפסקת הטיפול החקלאי: לֹא יִזָּמֵר וְלֹא יֵעָדֵר. פעולת הזמור היא קציצת ענפי הגפן כדי לחזק אותה ולהרבות את הפירות, ופעולת העידור היא חפירה באדמה סביב הגפנים כדי להסיר קוצים ועשבים רעים [רד"ק, מצודת דוד, אבן עזרא].
כתוצאה מההזנחה, הפסוק מתאר כי וְעָלָה שָׁמִיר וָשָׁיִת. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בשמות של מיני קוצים ועשבים שוטים הגדלים בשדה שאינו נעבד. מנגד, מוצגת דעה ייחודית לפיה שָׁמִיר אינו צמח אלא תולעת חזקה המסוגלת לבקע אבנים, ואילו שָׁיִת מבטא מצב של הרס ושממה מוחלטת שמתוכה עולות תולעים אלו [רש"י].
סיומו של הפסוק, וְעַל הֶעָבִים אֲצַוֶּה מֵהַמְטִיר עָלָיו מָטָר, מהווה את נקודת המפנה שבה נחשף הנמשל. בעל הכרם מצווה על העננים שלא יורידו גשם, פעולה שאינה אפשרית עבור אדם רגיל, ומכאן מתברר מעל לכל ספק שבעל הכרם הוא ה' [שד"ל, ביאור שטיינזלץ].
ברובד הנמשל, הפסוק מתאר את סילוק ההשגחה האלוהית מעל עם ישראל. הפסקת העבודה בכרם מסמלת את אובדן ההנהגה, המלוכה, וההדרכה התורנית [מלבי"ם, אברבנאל]. צמיחת הקוצים מתפרשת כהתגברות כוחם של הרשעים [אבן עזרא], כמעשיהם הרעים של ישראל שהופכים לקללה [רד"ק], או כרמז לגויים הזרים שיובאו לארץ ישראל כדי לתפוס את מקומם של עשרת השבטים הגולים [אברבנאל].
מניעת המטר מן העננים זוכה לשני כיווני פירוש עיקריים: גישה אחת רואה בכך עונש גשמי של עצירת גשמים ומניעת ברכה מהארץ [רד"ק, אברבנאל, מלבי"ם]. הגישה השנייה והעמוקה יותר, המקובלת על פרשנים רבים, מפרשת זאת באופן סמלי, ולפיה ה"עבים" הם בעצם הנביאים. כלומר, ה' יסלק את רוח הנבואה מעל ישראל ויפסיק לשלוח אליהם נביאים שיוכיחו וידריכו אותם, וכך תיוותר האומה בשממונה הרוחני [אבן עזרא, מלבי"ם, רד"ק, אברבנאל].