טרם היציאה לקרב, בני ישראל בוחרים לעצור ולשלוח משלחת בירור ואזהרה אל השבטים שמעבר לירדן. המטרה היא להוכיח אותם על מעשיהם בתקווה שיחזרו בתשובה ויימנעו משפיכות דמים [מצודת דוד, מלבי"ם]. החלטה זו נובעת מההבנה שאם התורה מצווה להציע שלום לעיר אויב לפני מלחמת רשות, קל וחומר שיש לנהוג כך כלפי אחיהם, מה גם שייתכן ויש להם הסבר מניח את הדעת להקמת המזבח. עם זאת, בני ישראל וַיִּשְׁלְחוּ את המשלחת רק לאחר שהצבא כבר היה מוכן ודרוך למלחמה. מהלך זה נועד להטיל אימה על שבטי עבר הירדן, למען יבינו שאם ידחו את הפנייה, הכוחות החמושים מוכנים לפעולה מיידית [אלשיך].
בראש המשלחת נבחר לעמוד אֶת פִּינְחָס בֶּן אֶלְעָזָר הַכֹּהֵן. אף על פי שאביו אלעזר ככל הנראה היה עדיין בין החיים, פינחס, שכבר לא היה אדם צעיר, נבחר להנהיג את השליחות, וייתכן שכבר החל למלא את מקום אביו בתפקידים מעין אלו [ביאור שטיינזלץ].
בחירתו של פינחס לתפקיד אינה מקרית ונושאת משמעות כפולה. החשד כלפי שבטי עבר הירדן כלל שני רבדים: מעילה כלפי ה׳ ובגידה בעם ישראל. תפקידו של פינחס היה להתעמת איתם ולהוכיח אותם על הפן הדתי והרוחני של הפגיעה בה׳ [מלבי"ם]. בנוסף, דמותו של פינחס מסמלת קריאה לשלום, שכן הוא כבר הוכיח בעבר את יכולתו להביא שלום על ישראל. השילוב של פינחס יחד עם שרי הצבא (המוזכרים בהמשך) נועד להעביר מסר כפול וברור: קריאה כנה לשלום מצידו של הכהן, ולצידה איום צבאי מרומז ומוחשי מצד שרי האלפים אם פנייתם תושב ריקם [אלשיך].