הפרידה של שניים וחצי השבטים משאר העם מסמלת את סיומה של תקופת הכיבוש המשותפת, כאשר הם עושים את דרכם חזרה אל נחלתם שבעבר הירדן המזרחי. הכתוב מתאר כיצד וַיָּשֻׁבוּ וַיֵּלְכוּ, כלומר יצאו לדרכם חזרה אל ארצם [ביאור שטיינזלץ], אך מדגיש במיוחד את נקודת המוצא של מסעם: מֵאֵת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל מִשִּׁלֹה.
ציון המקום שילה אינו מקרי ומקפל בתוכו משמעות עמוקה לגבי כוונותיהם. יהושע שחרר אותם לביתם מעירו תמנת סרח שבהר אפרים, ומבחינה גיאוגרפית הם היו יכולים לפנות משם ישירות מזרחה אל עבר הירדן. העובדה שבחרו להאריך את דרכם וללכת צפונה אל שילה, מלמדת על רצונם להתפלל במשכן ה' ולהיפרד באופן רשמי מכלל ישראל שנאספו שם. צעד זה מוכיח כי בשעת פרידתם, לבם היה שלם לחלוטין עם קדושת המשכן ועם אחדות האומה [מלבי"ם].
עם זאת, כוונותיהם הטהורות עמדו במבחן קשה מיד בהמשך דרכם. עם הגיעם לאזור הירדן, הם בנו מזבח גדול. מטרתם האמיתית הייתה להקים גלעד זיכרון בלבד, שלא נועד להקרבת קורבנות, כדי לשמר את הקשר עם שאר השבטים. אולם, שאר בני ישראל לא הבינו את כוונתם וראו במעשה זה בגידה כפולה: פשע לאומי של היפרדות מהעם והקמת ישות עצמאית, ופשע דתי כלפי ה' של הקמת מזבח נוסף בניגוד לאיסור להקריב מחוץ למקום הנבחר, מעשה שהזכיר מנהגים של עבודה זרה. אי הבנה זו, שעמדה בניגוד מוחלט לאחדות שהפגינו כשעזבו את שילה, הובילה את העם להתאסף מחדש מתוך כוונה לצאת למלחמת אחים נגדם. למרבה המזל, בטרם פרצה המלחמה, נשלחו פנחס הכהן ונשיאי העדה כדי להוכיחם ולברר את הדברים לאשורם [אברבנאל].