בעת סכנה לקיומה של האומה, כאשר מרחף איום של ענישה קולקטיבית, מתייצבים המנהיגים להגן על צאן מרעיתם. הם פונים אל מידת הצדק האלוהית ומזכירים כי הבורא מכיר לפני ולפנים את נפש האדם ואת מניעיו הנסתרים.
תגובתם הראשונה של משה ואהרן היא וַיִּפְּלוּ עַל־פְּנֵיהֶם. מעשה זה אינו רק השתטחות פיזית לתפילה, אלא מבטא יראה עצומה מפני השכינה, צער עמוק והכנעה. בנפילת האפיים ישנו יסוד של ביטול החושים והרצונות העצמיים, כאילו האדם עוצם את עיניו ומוסר את גורלו לחלוטין לידי שמים [רבנו בחיי]. יש מן הפרשנים שרואים במעשה זה מסירות נפש של ממש, שבה המנהיגים מציעים את חייהם שלהם ככופר על העם [בעלי ברית אברם].
בפנייתם אֵל אֱלֹהֵי הָרוּחֹת לְכָל־בָּשָׂר, הם פותחים בשם אֵל. שם זה מבטא מחד גיסא את כוחו העצום של הבורא לכלותם כרגע [אבן עזרא], ומאידך גיסא מעורר את מידת החסד כדי למתק את הדין הקשה [אור החיים].
התואר אֱלֹהֵי הָרוּחֹת טומן בחובו מספר משמעויות. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שזהו ביטוי להיותו של ה' "יודע מחשבות" ובוחן כליות ולב. שלא כמלך בשר ודם, אשר בעת מרד אינו יודע להבחין מי בדיוק פשע נגדו ולכן מעניש את כל המדינה, ה' מכיר את רוחו של כל אדם ויודע להבחין בין המסיתים המרכזיים לבין ההמון שרק נגרר אחריהם.
רובד נוסף בביטוי זה נוגע למתח שבין הרוח לבשר. האדם מורכב מנשמה רוחנית הנתונה בתוך גוף חומרי. משה ואהרן טוענים כי רוח האדם רכה ומושפעת בקלות מן הבשר ומתאוותיו [העמק דבר], ולכן ייתכן שהעם חטא מתוך חולשה אנושית והיגררות ולא מתוך כפירה מוחלטת [ביאור יש"ר]. יתרה מכך, רצונו העליון של ה' הוא שהרוחות יכירו באלוהותו דווקא בעודן שוכנות בתוך הבשר בעולם הזה. השמדת העם תסכל את המטרה האלוהית הזו, שכן השבח הגדול ביותר לבורא עולה מנשמות שמתגברות על מגבלות הגוף [אור החיים]. פירוש אחר מציע כי התואר "אלוהי הרוחות" מקביל ל"אלוהי השמים והארץ", ומבטא את שליטתו המוחלטת של ה' בארבע רוחות העולם [רבנו בחיי, תולדות יצחק].
מכאן עוברים משה ואהרן לטענתם המרכזית: הָאִישׁ אֶחָד יֶחֱטָא וְעַל כׇּל־הָעֵדָה תִּקְצֹף. הָאִישׁ אֶחָד הוא קורח, יוזם המחלוקת. קיימת מחלוקת לשונית לגבי האות ה"א במילה הָאִישׁ. יש הסבורים כי זוהי אות שנועדה להביע תמיהה, כלומר: "האם ייתכן שאיש אחד יחטא וכולם ייענשו?" [שד"ל, אוהב גר]. לעומתם, אחרים טוענים כי על פי כללי הניקוד זוהי ה"א הידיעה, והמשמעות היא קביעת עובדה: "האיש האחד הזה הוא החוטא, ולמה שעל כל העדה תשפוך את כעסך?" [ביאור יש"ר, חזקוני]. מכל מקום, השורש תִּקְצֹף נאמר בלשון עתיד, שכן באותו רגע ה' עדיין לא העניש אותם בפועל אלא רק הביע את רצונו לעשות זאת [מזרחי].
השימוש במילה אֶחָד זוכה להארה ייחודית: בדרך כלל עם ישראל נידון כגוף אחד משום שכל ישראל ערבים זה בזה. אולם, קורח במרדו בחר בדרך של פירוד ומחלוקת, ובכך הוציא את עצמו מן האחדות הכללית. לכן, אין זה צודק שחטאו של אדם שבחר להתנתק מן הכלל, יביא עונש על הכלל כולו [אדרת אליהו]. כמו כן, הערבות ההדדית תקפה רק לגבי מעשים חיצוניים של הבשר, אך מצד הרוח והנשמה אין אדם נושא בעוון חברו [מלבי"ם].
תפילה זו מעלה שאלה מהותית: מדוע מלכתחילה ביקש ה' לכלות את כל העדה אם רק קורח חטא? גישה אחת מסבירה כי דברי ה' קודם לכן היו דו-משמעיים, ומשה ואהרן ביקשו להבהיר האם הכוונה לכלל ישראל או רק לעדתו של קורח, וה' אכן אישר להם כי התכוון רק לחוטאים [רבנו חננאל, משכיל לדוד]. גישה שניה ומורכבת יותר טוענת כי העם אכן היה חייב כליה באותו רגע, שכן הם התפתו לדברי קורח וחטאו במחשבתם. אולם, מכיוון שחטא זה היה בסתר המחשבה, ענישתם הפומבית הייתה נראית לעיני בשר ודם כחוסר צדק וכחילול ה'. לכן ה' קיבל את טענת משה, והמתין עד שהעם יחטא בגלוי בהמשך הדרך, כדי שעונשם יהיה מוצדק וברור לעין כל [שפתי חכמים, דברי דוד].