בקשתם השלווה של בני ישראל לעבור בארץ נתקלת בתגובה צבאית חריפה ובלתי צפויה. במקום להסתפק בסירוב פסיבי, מלך האמורי מגייס את כל צבאו ויוצא למתקפה חזיתית מחוץ לגבולותיו.
הפרשנים עומדים על ההבדל החד בין תגובת סיחון לתגובת מלך אדום. בעוד אדום הסתפק במניעת מעבר, סיחון יצא למלחמה יזומה. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שסיחון שימש כשומר הגבולות של מלכי כנען, אשר העלו לו מס קבוע כדי שיחסום פלישות זרות. לכן, כאשר ישראל ביקשו לעבור, סיחון ראה חובה לצאת ולהילחם בהם כדי להצדיק את שכרו ולמנוע מהם להגיע לארץ כנען משום כיוון [רש"י, גור אריה, משכיל לדוד, דברי דוד]. מנגד, יש המסבירים כי סיחון זלזל בישראל וכפר בנסים שעשה להם ה', ולכן יצא ביד רמה כדי להראות לכל העמים שאין ממה לחשוש ואין כוח באלוהיהם להצילם [ביאור יש"ר]. דעה נוספת מציעה כי דווקא פנייתם העדינה והמנומסת של ישראל היא שגרמה לסיחון לסרב ולהתקיף, שכן הוא פירש זאת כחולשה [ביאור שטיינזלץ]. סירובו של סיחון היה מוחלט, והוא לא הסכים לתת להם עֲבֹר בִּגְבֻלוֹ, אפילו לא בקצה ארצו [בכור שור].
התנהלותו הצבאית של סיחון מעוררת תמיהה. סיחון עזב את עיר הבירה המבוצרת חשבון, שלפי המסורת הייתה כה חזקה עד שאפילו אם הייתה מלאה ביתושים חלשים לא ניתן היה לכובשה. במקום להישאר מוגן בתוך חומות העיר, הוא בחר לאסוף את כל עמו ולצאת הַמִּדְבָּרָה. רוב הפרשנים מסבירים כי מהלך זה לא נבע מהיגיון צבאי, אלא מהתערבות אלוהית. ה' נתן בלב סיחון ואנשיו לצאת מכל העיירות ולהתקבץ במקום אחד, כדי לחסוך מישראל את הטורח והסכנה שבמצור ממושך על כל עיר ועיר. כך יכלו ישראל להכריע את כל הצבא בקרב אחד, ולאחר מכן להיכנס בקלות לערים שנותרו חסרות מגן [רש"י, שפתי חכמים, מזרחי, ברטנורא].
היציאה למדבר הוסברה גם בכך ששם חנו בני ישראל באותה עת [חזקוני]. מעבר לכך, התרחשות הקרב במדבר נועדה למנוע את טומאת הארץ בחללים, כדי שהשטח שייפול בהמשך בחלקם של שבטי ראובן וגד יישאר טהור [שפתי כהן].
סיחון הגיע אל יָהְצָה, כלומר אל העיר יהץ [אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ, ביאור יש"ר], ושם וַיִּלָּחֶם בְּיִשְׂרָאֵל. ציון העובדה שסיחון הוא שפתח במלחמה תחילה נועד להדגיש שברגע שהאויב יצא במטרה לתקוף, קמה לישראל מצווה להתגונן ולהילחם בו [קונטרס חיבה יתירה]. מלחמה זו, שהתנהלה כדרך הטבע ועל פי חרב, נועדה לחזק את ביטחונם של בני ישראל לקראת כיבוש ארץ כנען. הניצחון בקרב חזיתי זה הוכיח להם שיוכלו לעמוד גם מול שלושים ואחד מלכי כנען, וגרם למלכי כנען להתאגד יחד מתוך הבנה שישראל נלחמים כדרך העולם [שפתי כהן].