במהלך המסע במדבר, המים לא היו רק מקור חיים פיזי, אלא גם עדות מוחשית להשגחה האלוהית שליוותה את העם. התחנה במסע המאופיינת בבאר מסמלת רגע של התגלות והכרה בנס, שבו מים בוקעים במקום צחיח ומובילים את העם לשיר שירת הודיה על חסדי ה'.
המילה בְּאֵ֑רָה מתפרשת על ידי רוב הפרשנים כשם של מקום שנקרא כך על שם הנס שאירע בו, ולא כשם עיר רגיל ברשימת המסעות [רמב"ן, רלב"ג, העמק דבר, רש"ר הירש]. מבחינה לשונית, האות ה"א בסוף המילה אינה מציינת כיוון (כמו "אל הבאר"), אלא היא אות נוספת, והמשמעות היא שמשם ניתנה להם באר [נתינה לגר]. הפרשנים חלוקים לגבי מיקומו המדויק של מקום זה. יש הסבורים כי העם לא נכנס ממש אל גבול מואב אלא הקיף את המקום [רמב"ן, הטור הארוך], ויש המזהים את המקום עם קדש שבאדום [ביאור יש"ר, חזקוני]. דעה נוספת היא שמדובר בערבות מואב, שם הבאר שליוותה אותם כסלע נודד לאורך כל השנים הפכה לבאר קבועה ורגילה [הכתב והקבלה].
הפסוק מדגיש הִ֣וא הַבְּאֵ֗ר, והפרשנים מסבירים כי מדובר באותה באר מפורסמת ממי מריבה, שניתנה להם בשנה הארבעים למסע. הכתוב מבחין בינה לבין הבאר שניתנה ברפידים בתחילת המסע; ברפידים ציווה ה' לאסוף רק את הזקנים, ואילו כאן נאמר אֱסֹף֙ אֶת־הָעָ֔ם, מה שמוכיח שמדובר בנס המאוחר יותר [ביאור יש"ר, העמק דבר].
מעבר לעצם נתינת המים, מפרשים רבים מתמקדים בנס נסתר שאירע באותו מקום, הקשור לניצחון במלחמת האמורי. הגישה המרכזית בקרב פרשנים אלו היא שהבאר ירדה אל תוך הנחלים, העלתה משם את דם ההרוגים ואיבריהם, והוליכה אותם סביב מחנה ישראל. ה' עשה זאת כדי לפרסם לעם את הנסים שנעשו להם בסתר, בבחינת משל לאדם הנותן לחם לתינוק וצריך להודיע על כך לאמו [רש"י, רא"ש]. המשל מוסבר בכך שהתינוק מסמל את עם ישראל, והאם רומזת לשכינה [משכיל לדוד]. תיאור זה גם מלמד שהבאר לא הייתה מקובעת למקום אחד, אלא סבבה את המחנה, וממנה משכו הנשיאים תעלות מים אל שבטיהם [ברכת אשר על התורה].
נס נוסף טמון בטבעם של המים עצמם. המקום שבו עמדה הבאר היה נמוך משמעותית מהמקום הגבוה שבו עמדו ישראל. המים, בניגוד לטבעם לרדת למטה, עלו בכוח אלוהי מן המעמקים כלפי מעלה. ראיית המים המטפסים בניגוד לחוקי הפיזיקה היא שעוררה את ישראל לפצוח בשירה ולקרוא "עלי באר" [ספורנו].
נשאלת השאלה מדוע אמרו ישראל שירה דווקא עכשיו, בסוף המסע, ולא כאשר הבאר ניתנה להם לראשונה. ההסבר לכך הוא שאין מברכים על נס עד שהוא מסתיים לחלוטין. רק כאשר הגיעו לגבול הארץ, והבאר עמדה מלכת משום שלא היו זקוקים לה יותר, הושלם הנס והייתה הצדקה לשירה [העמק דבר, רש"ר הירש].
בולט בהיעדרו מן השירה הזו שמו של משה רבנו, וכן שמו של ה'. הפרשנים מסבירים זאת בכמה אופנים: משה נענש בגלל חטאו בהכאת הסלע באותם מים, ולכן אין זה ראוי שישבח את הדבר שהביא לעונשו, ומאחר ששמו של משה הושמט, הושמט גם שם ה' [רא"ש]. הסבר נוסף הוא שהשירה נועדה להדגיש את שלמות הפעולה האלוהית לעומת החיסרון בפעולתו של משה במי מריבה. ה' נתן להם כאן מים בעצמו, ללא התערבות משה ומבלי שהעם יבקש, כדי להראות את כוחו הישיר [ספורנו, מלבי"ם].