שירת הבאר היא מזמור הלל פיוטי החוגג את הנס של אספקת המים לעם ישראל בישימון. השירה מדגישה את אופיו הייחודי של מקור המים הזה, שלא הופק באמצעות עבודת כפיים מפרכת של פועלים פשוטים, אלא נבע מתוך חסד אלוהי ועל ידי ההנהגה הרוחנית של האומה.
הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שהמילים בְּאֵר חֲפָרוּהָ שָׂרִים מלמדות כי בניגוד לבארות רגילות הנחפרות בעמל רב על ידי עבדים, באר זו נחפרה על ידי מנהיגי העם [ספורנו, רש"ר הירש, ביאור יש"ר, בכור שור, דעת זקנים]. רוב הפרשנים מסכימים כי ה"שרים" ו"נדיבי העם" הם משה ואהרן [רש"י, רשב"ם, רבנו בחיי, משכיל לדוד, חזקוני], ויש המוסיפים שאלו גם זקני ישראל [דעת זקנים, רש"ר הירש]. דעה נוספת מציעה כי השרים הם האבות, שבזכותם ניתנה הבאר [רא"ש].
הכפילות בפסוק בין חֲפָרוּהָ לבין כָּרוּהָ זוכה למספר התייחסויות. יש המפרשים כי הדבר רומז לכך שהבאר ניתנה לישראל פעמיים: פעם אחת בצאתם ממצרים, ופעם שנייה לאחר שנסתלקה עם מותה של מרים [משכיל לדוד]. מבחינה מעשית, יש המסבירים כי בתחילה התכוונו השרים לחפור לעומק (חפירה), אך המים נבעו מיד, ולכן נדרשה רק כרייה קלה של העפר העליון [מלבי"ם]. לפי פירוש אחר, נשיאי השבטים חפרו תעלות מרכזיות, ואילו נדיבי העם כרו תעלות משנה קטנות כדי להמשיך את המים למשפחותיהם, כאשר המים זרמו רק לאלו שהצטיינו במידת החסד והנדיבות [העמק דבר, צאינה וראינה].
הכלים ששימשו להוצאת המים מתוארים במילים בִּמְחֹקֵק בְּמִשְׁעֲנֹתָם. המנהיגים לא השתמשו בגרזנים או בכלי עבודה, אלא במטותיהם, שהיוו סמל להנהגה וסמכות [רש"י, שטיינזלץ, ביאור יש"ר, רלב"ג]. המילה בִּמְחֹקֵק מתפרשת על ידי חלק מהפרשנים ככינוי למשה רבנו עצמו, מחוקק התורה [רבנו בחיי, בכור שור, פני דוד]. אחרים רואים בכך התייחסות לה', המחוקק העליון, שעל פי דיבורו יצאו המים [הכתב והקבלה]. יש גם המפרשים זאת ככלי חפירה פשוט [מלבי"ם, העמק דבר] או כפעולת חקיקה ורישום על גבי הסלע [חזקוני, דעת זקנים]. המילה בְּמִשְׁעֲנֹתָם מכוונת למטה שעליו נשענו. מעניין לציין כי יש שלומדים מתוך שילוב המילים הללו והשירה השמחה, שה' כלל לא הקפיד על כך שמשה הכה בסלע, שכן אחרת לא היו שרים על כך [דעת זקנים, בכור שור]. מנגד, יש המעירים כי שמו של משה הושמט במכוון משירה זו, משום שנענש בגלל באר זו ולא יאה שישבחוהו בה [רבנו בחיי].
המילים וּמִמִּדְבָּר מַתָּנָה זוכות לשני כיווני פירוש עיקריים. הגישה הגיאוגרפית גורסת כי אלו הם שמות של תחנות במסע בני ישראל, שנסעו מהמדבר למקום שנקרא "מתנה" [רשב"ם, רלב"ג, אבן עזרא, חזקוני], ויש המוסיפים כי שמות המקומות שונו בשירה לשמות פיוטיים כדי לחלוק כבוד לה' [ביאור יש"ר]. הגישה הנסית מפרשת כי מתוך המדבר, שהוא ארץ צייה וצמאון, ניתנה להם הבאר כמתנה אלוהית עצומה [רש"י, רמב"ן, ספורנו, דעת זקנים], והפכה לנחל שוטף שליווה אותם במסעותיהם [רש"ר הירש, צאינה וראינה, נתינה לגר].
רובד פרשני נוסף, המובא בחלק ניכר מהמקורות, דורש את הפסוק כולו כאלגוריה לתורה. הבאר היא התורה, ו"השרים" הם תלמידי החכמים המעמיקים בה [פני דוד]. התורה נקראת וּמִמִּדְבָּר מַתָּנָה משום שניתנה דווקא במדבר שהוא הפקר, כדי ללמד שהיא שייכת לכולם ואף שבט אינו יכול לנכס אותה לעצמו [רא"ש]. בנוסף, הדבר מלמד על מידת הענווה: אדם שמשים עצמו כמדבר שהכל דשים בו, התורה ניתנת לו במתנה ומתקיימת בידו [תורה תמימה]. ברוח זו, יש מי שרואה בפסוק רמז לשותפות בעם ישראל: ה"מחוקק" מסמל את לומדי התורה, ואילו ה"משענת" מסמלת את נדיבי העם התומכים בהם כלכלית ומהווים להם משענת [חתם סופר].