תפילתם העמוקה של בני ישראל, אשר נבעה מעומק הלב ולוותה בנדר, נענית בשלמותה. ה' מחליש את כוחם של האויבים ומוסר אותם לידי העם [העמק דבר, ביאור שטיינזלץ]. מבחינה תחבירית, אף על פי שה' הוא הנושא בתחילת הדברים והוא זה שנותן את הכנעני, בני ישראל הם אלו שמבצעים את ההחרמה בפועל [ברכת אשר על התורה].
פעולת ההחרמה, כפי שמתבטאת במילים וַיַּחֲרֵם אֶתְהֶם וְאֶת־עָרֵיהֶם, נושאת משמעות כפולה בהתאם למושא שלה. הפרשנים מסבירים כי המושג "חרם" מבטא הוצאה של דבר מכלל שימוש והנאה. לכן, ביחס לבני האדם, אֶתְהֶם משמעותו הריגה ואובדן מוחלט, שכן בהיותם כנענים חל עליהם הציווי שלא להחיות כל נשמה. לעומת זאת, ביחס לרכוש, וְאֶת־עָרֵיהֶם משמעותו הפיכת השלל להקדש המיועד לשמים [רש"י, מזרחי, גור אריה, משכיל לדוד].
קיימת מחלוקת מתי והיכן התרחש כיבוש זה. גישה אחת סבורה כי בני ישראל נדרו כעת, אך קיימו את הנדר והחרימו את הערים רק מאוחר יותר, בעת הכניסה לארץ ישראל בימי השופטים [ספורנו, רמב"ן המובא בהעמק דבר]. מנגד, יש הסבורים כי ההחרמה התבצעה באופן מיידי, אך היא הוגבלה רק לערי הכנעני הסמוכות לאזור המלחמה בעבר הירדן המזרחי, בעוד שאר הערים נכבשו בימי יהושע [שד"ל, ביאור יש"ר]. לפי הבנה זו, המקום שהוחרם היה שדה המערכה עצמו, הרחק ממחנה ישראל [העמק דבר].
בעקבות המאורע, וַיִּקְרָא שֵׁם־הַמָּקוֹם חׇרְמָה, על שם החרם שהוטל עליו, ויש המוסיפים כי השם מבטא גם את העובדה שלא נבנה שם עוד יישוב קבע [ביאור שטיינזלץ]. הפרשנים חלוקים בשאלה האם מקום זה זהה ל"חרמה" המוזכרת בחטא המרגלים. יש המזהים את המקום כאותה זירה בדיוק שבה הובסו ישראל בעבר, וכעת זכו לנקום את תבוסתם [בכור שור, ביאור יש"ר], בעוד אחרים קובעים נחרצות כי מדובר במקום אחר לחלוטין שאינו קשור למאורע הקודם [חזקוני].