שירת הבאר מתפרצת בשנת הארבעים לנדודי בני ישראל במדבר, ומשמשת כהמנון של הודיה על המים הניסיים שקיימו את העם. אף שהבאר לוותה את ישראל מתחילת מסעם, השירה נכתבת רק בשלב מאוחר זה, ומציינת רגע של התגלות והכרת הטוב.
הפרשנים עומדים על היעדרם הבולט של משה ושל שם ה׳ משירה זו. השירה פרצה מתוך שמחה עצומה של העם שניצל ממוות בצמא [דעת זקנים, בכור שור, הדר זקנים], אך משה לא השתתף בה משום שהבאר הייתה הסיבה לעונשו ולגזירת מותו, וכיוון שמשה אינו נזכר בשירה, גם שמו של ה׳ הושמט ממנה [בכור שור, הדר זקנים]. יש המבארים כי הבאר, שניתנה במקור בזכותה של מרים, פסקה עם מותה, וכעת חזרה בזכותו של משה ובזכות התורה, ולכן פרצה השירה [כלי יקר, ברכת אשר על התורה].
לצד ההודיה על המים, השירה נולדה בעקבות נס צבאי נסתר. האמוריים ארבו לישראל במערות נחל ארנון כדי להורגם, אך ה׳ קירב את ההרים ומחץ אותם. מי הבאר הם שהעלו את דמם ואיבריהם של האויבים מתוך הנחל, ובכך פרסמו וגילו לישראל את הנס העצום שנעשה להם ללא ידיעתם [רש"י, רבנו בחיי, שפתי חכמים].
באשר לקריאה עֲלִי בְאֵר, הגישה המרכזית היא שזהו ציווי למים לעלות ממעמקי התהום והנחל, כדי שהעם לא יצטרך להתייגע ולחפור לעומק [רש"ר הירש, מלבי"ם], וכן הוראה לבאר להעלות עמה את שאריות האויבים [רש"י, מזרחי]. גישה אחרת מפרשת כי המילה אינה פועל אלא שם עצם המבטא מעלה, חשיבות והתרוממות, תוך ציון הפלא שהבאר התגלגלה ונדה עם המחנה [הכתב והקבלה]. ברובד הסמלי, הבאר נמשלת לתורה ולשכינה, והקריאה היא לעלייה רוחנית עליונה [אור החיים, רקנאטי].
את המילים עֱנוּ לָהּ מפרשים רוב הפרשנים כציווי לשורר, לצעוק ולהרים קול בתודה ובשמחה לכבוד הבאר [אבן עזרא, שד"ל, שטיינזלץ, קיצור בעל הטורים, בכור שור]. יש המתארים זאת כשירה תגובתית, שבה גדולי התורה פתחו בשיר, וכלל העם ענה אחריהם במעין פזמון חוזר [רש"ר הירש, העמק דבר]. גישה נוספת מציעה כי הכוונה היא לדיבור ישיר אל הבאר, שכן לאבן הדוממת ניתן כוח פלאי לשמוע ולהיענות לבקשת העם למים [ביאור יש"ר, הכתב והקבלה], או שהמילה מבטאת את עצם התנועה והטלטול של הבאר ברחבי המדבר [הכתב והקבלה].