בשלב מתקדם זה של המסע במדבר, כאשר בני ישראל נאלצים לעקוף את ארץ אדום והדרך מתארכת ומוסיפה טרחה, מתעוררת בקרבם תרעומת קשה. הכתוב מציין כי העם מדבר בֵּאלֹהִים וּבְמֹשֶׁה. השימוש באות בי"ת מעיד על דיבור קשה, ביקורתי ורווי תלונות המופנה כנגדם, ולא על פנייה רגילה של בקשה [נתינה לגר]. הפרשנים חלוקים לגבי מהות הפגיעה כאן. גישה אחת מדגישה את חומרת החטא בכך שהעם השווה את העבד, משה, לקונו ה', או שחשדו במשה שפעל על דעת עצמו מתוך כוונה רעה ולא בציווי אלוהי [רש"י, תורה תמימה, ברכת אשר]. מנגד, יש הסבורים כי בני ישראל דווקא ידעו היטב שמשה פועל רק בשליחות ה', אך טענתם הייתה כלפי עצם ההנהגה האלוהית, וכלפי משה שהסכים עמה ולא התפלל לשנותה. תלונה זו נחשבת להוצאת לשון הרע של ממש כלפי שמים [אור החיים, ביאור יש"ר, מלבי"ם].
זעקת העם כִּי אֵין לֶחֶם וְאֵין מַיִם מעוררת תמיהה, שהרי המן ירד להם מדי יום ובארה של מרים סיפקה להם מים. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שטענתם לא הייתה על חוסר מוחלט של מזון, אלא על היעדר לחם ומים טבעיים ורגילים כדרך כל הארץ. בני ישראל מאסו בחיים של תלות יומיומית בנס; הם רצו יציבות של תבואה הנמצאת בידם למספר ימים, ולא לחיות במתח של ציפייה למזון שיורד משמים בכל בוקר, דבר שנועד במקור לחנך אותם למידת הביטחון בה'. בנוסף, עייפות הדרך וההליכה המרובה סביב ארץ אדום עוררו בהם צורך פיזי במזון כבד ומשביע. המן והמים הנסיים היו רוחניים וקלים, והתעכלו במהירות מבלי להותיר תחושת שובע וכוח פיזי לאורך זמן, מה שהקשה עליהם את ההליכה במדבר [אור החיים, כלי יקר, העמק דבר, מלבי"ם].
תסכול זה הוביל לזלזול עמוק במן, שאותו כינו בַּלֶּחֶם הַקְּלֹקֵל. חלק מהפרשנים מבארים שמקור המילה הוא מהשורש ק.ל.ל, כלומר לחם קל מאוד, דל וחסר משקל [אבן עזרא, רשב"ם, חזקוני]. אולם, קלות העיכול של המן עוררה בעם גם חרדה פיזית של ממש. מכיוון שהמן נבלע לחלוטין באיברים ולא ייצר פסולת גופנית, הם פירשו את המילה "קלקל" מלשון קלקול: הם חששו שהמן מצטבר ותופח במעיהם, וטענו בחרדה כי לא ייתכן שאדם יאכל מבלי להוציא פסולת. בכך, הם הפכו את הנס הגדול – שנועד לרומם אותם לדרגת מלאכי השרת שאינם זקוקים להתפנות – למקור של פחד, כפיות טובה ותלונה [רש"י, גור אריה, צאינה וראינה]. יש המסבירים שרק עתה, לקראת סוף ארבעים השנים, כשהתקרבו לאזורים מיושבים וקנו תבואה רגילה, הם שמו לב להבדל בעיכול והחלו לחשוש מהשפעת המן שאכלו עד כה [חתם סופר].
בעקבות תלונה זו, שבה התרעמו ללא סיבה אמיתית של רעב או צמא אלא מתוך קוצר רוח [רלב"ג], נענשו ישראל במידה כנגד מידה. ה' שילח בהם נחשים, משום שהנחש הקדמוני חטא כשהוציא לשון הרע על ה' בגן עדן, ולכן הוא הראוי לפגוע במי שדיברו לשון הרע על ה' ועל משה. יתרה מזאת, הנחש נידון לכך שכל מאכל שיאכל ירגיש לו בטעם אחד של עפר, ולכן הוא נבחר להיפרע מאלו שאכלו את המן – מאכל פלאי שניתן לטעום בו טעמים רבים – ובכל זאת מאסו בו. העונש לא דרש בריאה חדשה; הנחשים והעקרבים תמיד היו במדבר, אך עד כה ענני הכבוד הגנו על העם ושרפו את המזיקים מפניהם. ברגע שכפרו בטובתו של ה', הוסרה ההשגחה המיוחדת, והסכנה הטבעית של המדבר נחשפה ופגעה בהם [רבנו בחיי, תולדות יצחק, כלי יקר].