ההיררכיה של משרתי המשכן מגיעה לשיאה בהנהגתו של אלעזר. בעוד שאהרן הכהן נשא בתפקיד ייחודי ונפרד, הנהגת שבט הלוי בפועל הופקדה בידי בנו הבכור [ביאור שטיינזלץ].
התואר וּנְשִׂיא נְשִׂיאֵי הַלֵּוִי מלמד שאלעזר היה הממונה העליון על שלושת הנשיאים של משפחות הלויים – גרשון, קהת ומררי [בכור שור, מלבי"ם]. הכפלת המילה מאותו השורש נועדה להדגיש הפלגה וגדולה יוצאת דופן, בדומה לביטוי "שמי השמים" [אבי עזר]. כמו כן, הניקוד של המילה מלמד על סמיכות, כלומר הוא אינו עוד נשיא מן המניין, אלא ממונה על שאר הנשיאים [שפתי חכמים]. חז"ל כינו את תפקידו העליון בתואר "אמרכל", שמשמעותו שר הממונה על הכל [תורה תמימה, נתינה לגר].
באשר להגדרת תפקידו, פְּקֻדַּת שֹׁמְרֵי מִשְׁמֶרֶת הַקֹּדֶשׁ, רוב הפרשנים מסבירים כי המילה "פקודת" משמשת כאן כשם תואר המעיד על שררה, השגחה ופיקוח. אלעזר היה הקצין המפקח אשר מינה, הדריך והשגיח על השומרים בעבודתם [רש"י, שד"ל, רש"ר הירש, נתינה לגר]. מנגד, יש המציעים קריאה תחבירית שונה, לפיה המילה "נשיאי" נמשכת ונקראת פעמיים, כך שמשמעות הכתוב היא שאלעזר הוא הנשיא על אותם נשיאים שהם הפקידים על השומרים [אבן עזרא, הטור הארוך].
מיקומו של פסוק זה מעורר תמיהה: מדוע מוזכרת הנהגתו של אלעזר מיד לאחר מניין משפחת קהת, בטרם נמנתה משפחת מררי, ומדוע לא מוזכר כאן אחיו איתמר, שהיה ממונה על שאר המשפחות? הפרשנים מציעים לכך כמה סיבות המשלימות זו את זו. ראשית, מבחינה משפחתית, אלעזר היה נכדו של עמרם ולכן השתייך בעצמו למשפחת קהת [ברכת אשר על התורה]. שנית, אף שהיה ממונה על כלל הלויים, אחריותו הישירה והמיוחדת הייתה על בני קהת, שומרי משמרת הקודש הפנימית ביותר, שהיא תכלית המשכן כולו ומשולה ללב באברי הגוף [העמק דבר, ברכת אשר על התורה]. יתרה מכך, בניגוד לאיתמר שרק פיקח על עבודת משפחות גרשון ומררי, אלעזר היה שותף פעיל ונשא בנטל העבודה הפיזית של נשיאת כלי הקודש יחד עם בני קהת [הכתב והקבלה, משכיל לדוד].
מעורבותו האישית בעבודה הפיזית טומנת בחובה מסר עמוק: אף על פי שאלעזר החזיק בתואר הרם ביותר והיה שר על כל השרים, הוטלו עליו עבודות כפיים רבות. הדבר מלמד שבארמונו של המלך, כלומר במקדש, אין מקום לגינוני גאווה, וגדולה ומעמד אינם פוטרים את האדם מעבודה קשה ומאמץ בשירות ה' [תורה תמימה].