מניין שבט לוי מסתכם בפסוק זה, אך הוא מעורר שאלות רבות בקרב המפרשים, הן בשל סימון חריג מעל אחת ממילות הפסוק, והן בשל פערים מספריים ושאלות דמוגרפיות עמוקות העולות מתוכו.
המילה וְאַהֲרֹן מופיעה בתורה כאשר מעליה נקודות. תופעה זו נועדה ללמד שאהרן הופקע בדרך כלשהי מן המניין. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שאהרן לא נכלל בין הנמנים עצמם, אף על פי שהיה משבט לוי. הסיבה לכך היא שקדושתו ככהן קדמה להחלפת הבכורות בלוויים, ולכן לא נכלל בייעודם החדש [רש"ר הירש], או משום שאהרן היה מעורב בחטא העגל שגרם לפסילת הבכורות, ולכן לא היה ראוי שיימנה עם הלוויים שבאו להחליפם [העמק דבר].
מנגד, יש הסבורים שהנקודות מלמדות שאהרן לא היה שותף פעיל בפעולת הספירה יחד עם משה, אלא משה מנה את הלוויים לבדו על פי ציווי ה', אך צירף את אהרן לכתוב מתוך כבוד [ברטנורא, פענח רזא]. פרשנים אחרים מסבירים שאהרן צורף למניין המצוין בפסוק כדי למנוע חשד שמשה הטה את המספרים לטובת אחיו הכהן בכל הנוגע לכספי פדיון הבכורות [שפתי כהן], או משום שנוכחותו נדרשה כדי לפדות את בכורי הלוויים עצמם [מלבי"ם]. גישת ביניים מציעה שאהרן אכן השתתף בספירה, אך הנקודות מדגישות את ההבדל בינו לבין משה: משה היה גם המונה וגם נכלל בספירה, בעוד שאהרן היה רק מונה ולא נמנה [דברי דוד, משכיל לדוד, גור אריה].
הקושי הבולט ביותר בפסוק הוא המספר הכולל של הלוויים: שְׁנַיִם וְעֶשְׂרִים אָלֶף. חיבור מספרם של בני משפחות קהת, גרשון ומררי שהוזכרו בפסוקים הקודמים, מעלה סך של 22,300 לוויים. הפרשנים מסכימים כי אותם 300 לוויים חסרים היו בכורות בעצמם. מטרת מניין הלוויים הייתה להחליף את בכורי ישראל שנפסלו מעבודת הקודש, אך כלל הלכתי קובע כי אין הקדש פודה הקדש, או בלשון חז"ל: "אין בכור מפקיע בכור". כלומר, לוי שהוא בעצמו בכור יכול לפדות רק את עצמו מקדושת הבכורה שחלה עליו, ואינו יכול לשמש כתחליף לפדיון בכור מישראל. לכן, אותם 300 בכורות הופחתו מהסך הכולל שנועד לפדיון [רש"י, אבן עזרא, בכור שור, שפתי חכמים]. דעה ייחודית מציעה כי אותם 300 עודפים היו למעשה נשים משבט לוי שנישאו לישראלים, ולכן נמנו בפירוט המשפחות אך לא בסך הכולל של הזכרים [פענח רזא].
מעבר לשאלת הפער המספרי, מספרם הכולל של הלוויים מעורר פליאה: כיצד ייתכן ששבט שלם מונה רק 22,000 זכרים מבן חודש ומעלה, בעוד שאר השבטים מנו עשרות אלפים של יוצאי צבא מבן עשרים ומעלה? המפרשים מציעים לכך מספר סיבות:
ראשית, שבט לוי לא סבל משעבוד מצרים. הריבוי העצום של בני ישראל נבע מנס אלוהי שהתרחש כתגובה לעינוי, כפי שנאמר "וכאשר יענו אותו כן ירבה". מכיוון שהלוויים לא עבדו בפרך, הם התרבו בדרך הטבע בלבד ולא זכו לאותו ריבוי ניסי [אור החיים, כלי יקר].
שנית, בעקבות גזרת פרעה להשליך את הילודים ליאור, עמרם, מנהיג השבט, גירש את אשתו. בעקבותיו, בני שבט לוי (שלא היו משועבדים ולכן יכלו להרשות לעצמם לפרוש) גירשו גם הם את נשותיהם. אף על פי שעמרם החזיר את אשתו בהמשך בעקבות נבואה, שאר בני השבט נותרו בפרישותם זמן רב מתוך פחד מהגזרה, מה שגרם למיעוט ילודה משמעותי [אור החיים, פני דוד, כלי יקר].
הסברים נוספים תולים את מיעוטם בקדושתם היתרה: העיסוק המתמיד בקודש ובנשיאת ארון הברית גבה מהם קורבנות בנפש, שכן כל טעות קטנה בעבודת הקודש גרמה למיתתם [כלי יקר, ברכת אשר]. בנוסף, תהליך התפתחותם של אנשי מעלה הוא איטי וקשה יותר מאשר של אנשים רגילים, בדומה לעץ פרי שגידולו איטי לעומת אילן סרק, והם נדרשו לרמת פרישות גבוהה עוד מימי האבות [העמק דבר]. לבסוף, יש המציינים כי המספר 22,000 אינו מקרי, אלא מקביל במדויק למספר המלאכים שירדו במעמד הר סיני. ה' בחר בשבט זה, דווקא בשל היותו מועט, לשמש כמחנה השכינה עלי אדמות [כלי יקר, דעת זקנים].