תהליך החלפת בכורי ישראל בלויים מגיע כאן לשלב המעשי, בו נדרש פתרון עבור עודף הבכורים שלא נמצא להם לוי שיחליף אותם. משה אוסף את כסף הפדיון מאותם בכורים נותרים, כדי לשחררם מקדושתם.
המילה הַפִּדְיוֹם משמעותה הפדיון, כאשר האות מֵ"ם מחליפה את האות נוּ"ן המקובלת (ביאור שטיינזלץ, אבן עזרא). שינוי לשוני זה אינו מקרי; הפרשנים מסבירים כי האות נוּ"ן מאפיינת לרוב לשון נקבה, ומאחר שמדובר כאן בפדיון של זכרים בלבד, נעשה שימוש באות מֵ"ם. בנוסף, השימוש במילה "פדיום" בשלב זה, לעומת "פדוים" בהמשך, מדגיש שכעת הכסף רק מוכן ומיועד לפדיון, והפדיון עצמו יחול בפועל רק כאשר הכסף יימסר לאהרן הכהן (הכתב והקבלה). גישה נוספת רואה באות מֵ"ם תוספת לשונית שגרתית, בדומה למילים "ריקם" או "חינם" (רשב"ם).
לגבי אופן גביית הכסף מֵאֵת הָעֹדְפִים, הכתוב מלמד שהכסף לא נגבה באופן יחסי מכלל הבכורים, אלא אך ורק מאותם מאתיים שבעים ושלושה בכורים עודפים. מי שזכה שלוי יפדה אותו, נפטר לחלוטין מהתשלום (העמק דבר). כדי לקבוע בצורה הוגנת מי מבין הבכורים ישלם ומי יופטר, ערך משה גורל באמצעות פתקים. קיימת מחלוקת כיצד בדיוק התבצע הגורל: דעה אחת גורסת שמשה הכין פתקים שעליהם נכתב "חמשת שקלים", ובכור שעלה בידו פתק זה חויב בתשלום. דעה אחרת מתארת מערכת מורכבת יותר של פתקים שעליהם נכתב "בן לוי" מול פתקי "חמשת שקלים", תהליך שלפי המתואר דרש התערבות ניסית כדי שבדיוק מאתיים שבעים ושלושה בכורים יעלו בגורל את חובת התשלום (רא"ש).
הביטוי עַל פְּדוּיֵי הַלְוִיִּם זוכה למספר פירושים. הגישה המרכזית מסבירה שהכוונה היא לבכורי ישראל שכבר נפדו באמצעות גופם של הלויים, והכסף נלקח מאלה שנותרו עודפים עליהם (רש"י). אולם, גישה אחרת מציעה שהביטוי מתייחס לשלוש מאות בכורים שהיו בתוך שבט לוי עצמו. מכיוון שכלל הוא ש"אין בכור מפקיע בכור", אותם בכורי לויים לא יכלו לפדות את בכורי ישראל, אלא רק להפקיע את קדושת עצמם. לפיכך, המילה "על" מתפרשת כאן במשמעות של סיבה ("בגלל") – אותם מאתיים שבעים ושלושה בכורי ישראל נותרו עודפים בגלל ששלוש מאות הלויים הבכורים היו צריכים לפדות את עצמם. פדיון הלויים במקרה זה אינו תשלום כספי, אלא עצם שחרורם מעול העבודה בקודשים שעבר לכהנים (הכתב והקבלה, רשב"ם).
מעבר להיבטים המעשיים והלשוניים, יש המזהים בעצם לקיחת הכסף מן הבכורים רמז סמוי המזכיר את אירוע מכירת יוסף על ידי אחיו (שפתי כהן).