התורה עוברת כעת לדון במקרה חמור יותר מזה של שור "תם" שהזיק באופן אקראי, ומציגה את דינו של שור מועד – שור בעל היסטוריה של נגיחות. המילה א֣וֹ בפתח הפסוק עוררה דיון בקרב הפרשנים. בעוד שבדרך כלל מילה זו נועדה להשוות בין שני מקרים שווים, כאן היא משמשת כדי להבחין ולהפריד בין שור תם לשור מועד שדיניהם ועונשיהם שונים לחלוטין [גור אריה]. יש המפרשים את המילה במשמעות של "אבל אם" או "אלא אם כן" [שד"ל, קאסוטו, רש"י], ויש המסבירים כי היא נועדה להדגיש את הניגוד: הפסוק הקודם עסק בשור ששמרו עליו שמירה רגילה, ואילו כאן מדובר בשור שלא נשמר כראוי [הכתב והקבלה].
המילה נוֹדַ֗ע מדגישה כי טבעו האלים של השור, שכבר נגח שלוש פעמים בעבר (מִתְּמ֣וֹל שִׁלְשֹׁ֔ם), הפך לעובדה גלויה המוכרת לציבור ולבית הדין [רש"י, שטיינזלץ]. ידיעה ציבורית זו גורמת לכך שאנשים מתרחקים ממנו באופן טבעי, ולכן רמת ההיזק שלו פוחתת, מה שמשפיע על רמת השמירה הנדרשת מבעליו [הכתב והקבלה].
התנאי המרכזי לחיוב המלא הוא וְלֹ֥א יִשְׁמְרֶ֖נּוּ. הפרשנים חלוקים בשאלה איזו רמת שמירה נדרשת כדי לפטור את הבעלים. גישה אחת גורסת כי שור מועד דורש שמירה מעולה וקפדנית במיוחד, ואם הבעלים לא סיפקו אותה – הם ישלמו נזק שלם. לעומת זאת, גישה אחרת טוענת שדי בשמירה בסיסית ורגילה, והחיוב המלא חל רק כאשר הבעלים פשעו לחלוטין ולא שמרו על השור כלל [רמב"ן, הכתב והקבלה, רש"ר הירש]. עצם השימוש בפועל "ישמרנו" עם כינוי הגוף המחובר בסופו, ולא במילים "ישמור אותו", מרמז על דרישה חוקית לשמירה כללית ובסיסית בלבד [הכתב והקבלה]. בנוסף, יש הסבורים כי שור מועד מסוכן כל כך עד שאין לו שום שמירה ראויה מלבד שחיטתו [אור החיים].
הדגשת המילה בְּעָלָ֑יו מלמדת על עיקרון משפטי חשוב: כדי שיוטל חיוב תשלומים, השור חייב להיות שייך לאדם מסוים משעת הנגיחה ועד להעמדה בדין. אם הבעלים הפקירו את השור לאחר שהזיק, הם פטורים מלשלם [הכתב והקבלה]. כמו כן, האחריות והפיצויים חלים על רכוש פרטי בלבד, אך אם רכוש המוקדש לגבוה (הקדש) ניזוק, אין עליו תשלומי נזיקין [רש"ר הירש].
בניגוד לשור תם שבעליו משלם רק חצי נזק, כאן העונש הוא שַׁלֵּ֨ם יְשַׁלֵּ֥ם – תשלום נזק שלם [רש"י]. הכפילות הלשונית באה ללמד שהבעלים המזיקים אמנם משלמים את הנזק, אך אינם זכאים להרוויח או ליטול חלק בשבח אם הנבלה העלתה את ערכה לאחר המיתה [תורה תמימה]. הביטוי שׁוֹר֙ תַּ֣חַת הַשּׁ֔וֹר מתפרש לרוב כחובה להשלים את הערך המלא של השור שהומת, בין אם באמצעות תשלום כספי שווה ערך ובין אם במסירת שור אחר [תורה תמימה, משכיל לדוד]. עם זאת, יש המדגישים כי התשלום צריך להינתן פיזית לידי הניזק בצורה של שור ממש, או לפחות באופן שיאפשר לו לקנות שור חלופי באופן מיידי [העמק דבר, שד"ל].
למי שייכת נבלת השור שהומת? רובם המכריע של הפרשנים מסכימים כי המילים וְהַמֵּ֖ת יִֽהְיֶה־לּֽוֹ מתייחסות לבעל השור שניזוק (הניזק). המשמעות היא שהנבלה נשארת ברשותו, והמזיק משלם רק את ההפרש שבין שווי השור החי לשווי הנבלה, כדי להשלים לנזק שלם [רש"י, רמב"ן, תורה תמימה, אבן עזרא]. הסדר זה נועד להקל על המזיק, שאינו נדרש לטפל בנבלה בעצמו [תורה תמימה]. עם זאת, האחריות על הנבלה מוטלת על הניזק, ואם ערכה ירד מהרגע שבו השור מת ועד המשפט, ההפסד כולו שלו, שהרי היה עליו למכור אותה מיד [תורה תמימה, ביאור יש"ר]. בנוסף, הנבלה עוברת לניזק יחד עם כל הציוד שהיה קשור אליה בשעת המיתה, כגון החבל [פרדס יוסף].
מנגד, קיימת גישה פרשנית שונה ולפיה המילים מתייחסות דווקא למזיק. לפי דרך הפשט, מכיוון שהמזיק נדרש לשלם שור חי ושלם תחת השור שמת, הרי שקנה את הנבלה בתשלומים אלו והיא עוברת לבעלותו [רמב"ן, שטיינזלץ]. על אף המחלוקת בהבנת המילים, התוצאה הכלכלית בשתי הגישות נותרת זהה לחלוטין, שכן שווי הנבלה מחושב ומקוזז מסך התשלום הכולל [רמב"ן].