עם השלמת בנייתו של המקדש, מתחולל שינוי דרמטי בקשר שבין האומה לאלוהיה. ההתגלויות הפומביות וההמוניות של יציאת מצרים ומעמד הר סיני מתחלפות כעת בהשראת שכינה אינטימית וקבועה בתוך המחנה. המשכן הופך למעין הר סיני נייד, המלווה את העם במסעותיו, בבחינת מעבר מדיבור בפרהסיא לדיבור מתוך היכל פרטי [קאסוטו, שפתי כהן].
הפרשנים עומדים על ההבחנה שבין שני המושגים המרכזיים המופיעים כאן. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שישנה הפרדה ברורה בין הענן לבין הכבוד. הענן החומרי משמש כמעטפת חיצונית המכסה וטומנת בחובה את האוהל מכל צדדיו, ואילו "כבוד ה׳" הוא אור אלוהי זוהר או אש שנבראה, אשר מילאה את החלל הפנימי של המשכן [רמב"ן, רבנו בחיי, רקנאטי, אברבנאל, שטיינזלץ]. תפקידו של הענן הוא לשמש כמסך המכסה את האור העז, בדומה לאופן שבו לא ניתן להביט ישירות בשמש, כך הענן מאפשר קיום אנושי בסמוך לשכינה [כלי יקר, אברבנאל].
הכתוב משתמש בשני שמות שונים למבנה: אֹהֶל מוֹעֵד וכן הַמִּשְׁכָּן. יש המבארים כי אֹהֶל מוֹעֵד מתייחס למעטפת החיצונית הנראית לעין או להיכל החיצוני שעליו חפף הענן, בעוד שהַמִּשְׁכָּן מבטא את המהות הפנימית שבה שכן הכבוד [אבן עזרא הקצר, העמק דבר]. בנוסף, שני השמות משקפים את מצבו של המבנה באותו רגע: הוא נקרא "אוהל מועד" בהקשר לענן שמנע באותה שעה את הפגישה וההיוועדות עם ה׳, ונקרא "משכן" בהקשר לכבוד שאכן שכן בתוכו [העמק דבר].
ביחס למילה מָלֵא, המוגדרת כפועל בזמן עבר [אבן עזרא הקצר], מצביעים הפרשנים על היפוך תחבירי שנועד לשמור על כבוד שמים. מבחינה הגיונית היה ראוי להיכתב "והמשכן היה מלא כבוד ה׳", משפט המרמז כי המשכן מכיל בתוכו את השכינה. אולם הניסוח וּכְבוֹד ה' מָלֵא אֶת הַמִּשְׁכָּן מלמד כי הכבוד האלוהי הוא עצום ובלתי מוגבל, ודווקא המשכן הוא זה שכנוס ומוחזק בתוך כבודו של ה׳, שכן ה׳ הוא מקומו של עולמו ואין העולם מקומו [פענח רזא, הדר זקנים].
מצב ייחודי זה, שבו המבנה התמלא באופן שלם וקבוע באור האלוהי, יצר יראה גדולה ומנע ממשה רבנו להיכנס פנימה [אלשיך]. מאחר שהענן נותר בחוץ והאור הקדוש שכן בפנים ללא כיסוי, הכניסה הפכה לבלתי אפשרית [כלי יקר]. כדי להיכנס אל הקודש, נדרש משה להמתין לקריאה מפורשת מאת ה׳ ולקבל רשות, ממש כפי שאירע בהר סיני. רק לאחר מכן, כאשר הענן הסתלק מעט או כאשר התרכז הכבוד והצטמצם אל בין שני הכרובים שעל הארון, יכול היה משה להיכנס אל האוהל ולשמוע את הדיבור האלוהי [רמב"ן, מלבי"ם, אברבנאל].