הקמת המשכן וחנוכתו מלוות בשורת פעולות פולחניות מדויקות, כאשר העלאת הקטורת הריחנית על מזבח הזהב מהווה את אחד מרגעי השיא של קידוש החלל הפנימי. פעולה זו מסמלת את תחילת העבודה הסדירה בקודש, ומעוררת נידון בקרב המפרשים בשאלה מי ביצע אותה בפועל ומה משמעותה לדורות.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהנושא של המילה וַיַּקְטֵר הוא משה רבנו. במהלך שבעת ימי המילואים, שהם ימי חנוכת המשכן, משה תפקד ככוהן הראשון וביצע את כל העבודות, כולל הקטרת הקטורת [רמב"ן, רבנו בחיי, ביאור יש"ר]. אף על פי שבציווי המקורי לא נאמר במפורש שמשה יקטיר את הקטורת, הדבר נלמד משאר העבודות שביצע, כגון סידור לחם הפנים והעלאת הנרות [רמב"ן, הטור הארוך]. יש המוסיפים כי משה שימש ככוהן והקריב את קרבנות הציבור אף ביום השמיני, יום הקמת המשכן עצמו, וזאת כדי ללמד את אהרן ובניו את סדר העבודה הלכה למעשה, ורק לאחר מכן פסק מלשמש ככוהן [מזרחי]. בשעת ההקטרה עצמה, משה נכנס אל אוהל מועד יחד עם אהרן [מלבי"ם].
מנגד, קיימת מסורת פרשנית סביב גרסאות שונות בפירוש רש"י, שבהן נכתב כי אהרן הוא זה שהקטיר את הקטורת. הדבר עורר פולמוס, וחלק מן המפרשים קבעו נחרצות כי מדובר בטעות סופר שנפלה בספרים, שכן ברור שמשה הוא זה שעבד בימי המילואים [רמב"ן, שד"ל, הטור הארוך]. עם זאת, יש מי שמיישב את הדברים ומסביר כי אף שמשה עבד בפועל באותם ימים, הכתוב רומז גם לאהרן ולעבודה הקבועה לדורות. חיזוק לכך נמצא במילים כַּאֲשֶׁר צִוָּה ה' אֶת מֹשֶׁה, ולא "כאשר ציווהו", לשון המרמזת שהציווי ניתן למשה כדי להעבירו לאהרן, שמעתה ואילך יופקד על המלאכה [ברטנורא].
הביטוי וַיַּקְטֵר עָלָיו קְטֹרֶת סַמִּים מתייחס לסדר העבודה התמידי, שבו הקטורת מועלית פעמיים בכל יום: פעם אחת שחרית ופעם אחת ערבית [רש"י, שד"ל]. פעולה זו קשורה בקשר הדוק לטיפול במנורה, שכן ההקטרה בבוקר נעשית בעת הטבת הנרות וניקויים, וההקטרה בערב נעשית בעת הדלקתם [העמק דבר, ברכת אשר].
לבסוף, המילים כַּאֲשֶׁר צִוָּה ה' אֶת מֹשֶׁה נועדו להדגיש את ההתבטלות המוחלטת לרצון האל. הן מודיעות כי משה לא עשה דבר מדעתו העצמית או מיוזמתו האישית, אלא פעל אך ורק על פי מה שהסכימה עליו דעת המקום [ביאור יש"ר].