הצבת הארון בלב המשכן מהווה את נקודת החיבור בין העולמות, שבה מעמד הר סיני עובר מאירוע היסטורי חד־פעמי לנוכחות קבועה בעולם. לוחות הברית, שירדו משמים, מוצאים להם כעת בית מנוחה ממשי בארץ והופכים למקור של כוח ועוצמה [ביאור שטיינזלץ].
הכתוב משתמש בפעלים הכפולים וַיִּקַּח וַיִּתֵּן משום שלוחות הברית לא יוצרו כחלק מעבודות ההקמה של המשכן וכליו. עד לאותו רגע, הלוחות נשמרו בארון עץ זמני בתוך אוהלו של משה, ולכן היה עליו לקחת אותם משם תחילה לפני שנתן אותם בארון הזהב [רוב הפרשנים]. בניגוד לשאר חלקי המשכן שמשה הקים בעזרתם הפיזית של הלוויים, את הכנסת הלוחות לארון ביצע משה לחלוטין במו ידיו [העמק דבר]. הפועל וַיִּקַּח מרמז גם על כך שהתורה היא בבחינת "לקח טוב" שניתן לישראל [חומת אנך]. בנוסף, השימוש במילה וַיִּתֵּן (מלשון נתינה ומתנה) מדגיש כי הכנסת התורה היא מתנה לארון עצמו; ארון העץ וציפויי הזהב לא היו כדאיים מצד עצמם להכיל את הלוחות, והם קנו את קדושתם רק בזכות התורה שניתנה בתוכם [אלשיך].
המילים אֶת הָעֵדֻת מכוונות ללוחות הברית [רש"י]. הלוחות נקראים "עדות" משום שהם מעידים על כך שהשכינה שורה על הארון, דבר שבא לידי ביטוי בנס שבו הארון לא תפס מקום פיזי בחלל קודש הקודשים [חומת אנך]. בניגוד לספר תורה הניצב כיום זקוף בארון הקודש לשם קריאה, לוחות העדות הושכבו במאוזן בתוך הארון [פרדס יוסף].
לגבי הפעולה וַיָּשֶׂם אֶת הַבַּדִּים, מוטות הנשיאה כבר הוכנסו לטבעות הארון קודם לכן על ידי בצלאל. פעולתו של משה כאן הייתה סידורם והתאמתם כך שיבלטו החוצה ויהיו מוכנים לנשיאה [העמק דבר]. מבחינה רעיונית, הבדים מסמלים את האנשים המחזיקים ותומכים כלכלית בלומדי התורה. הכתוב מציין שמשה שם אותם עַל הָאָרֹן, לרמז שקדושתם של תומכי התורה יתרה אף מקדושתו של הארון המשמש כתיק לתורה עצמה [אלשיך].
בשלב האחרון, וַיִּתֵּן אֶת הַכַּפֹּרֶת כדי להמשיך את קדושת השכינה הנשפעת מִלְמָעְלָה מבין שני הכרובים [אלשיך]. ישנה גישה הסבורה כי משה הניח את הכפורת באופן זמני לרוחב הארון, רק כדי שיוכלו להכניס את שניהם יחד בקלות אל קודש הקודשים [העמק דבר]. גישה אחרת מתייחסת לסדר הפעולות: בעוד שבציווי המקורי נאמר שיש להכניס את הארון לקודש הקודשים ורק אז להניח עליו את הכפורת, כאן משה מניח את הכפורת על הארון בעודו בחוץ, ורק לאחר מכן מכניס אותו פנימה. ההסבר לכך הוא שהציווי המקורי התייחס לסדר הפעולות שנהג בשבעת ימי המילואים, ואילו כאן מתואר הסדר הקבוע שנהג ביום השמיני להקמת המשכן [מלבי"ם].