זעזוע קוסמי עז ופתאומי חושף את המקומות הנסתרים והעמוקים ביותר בטבע, כתוצאה מהתערבות אלוהית עוצמתית. תיאור זה משמש את דוד כדי לבטא כיצד כוחו של ה' משדד את מערכות הטבע וההיסטוריה כאחד.
ברמה המילולית, אֲפִקֵי יָם הם זרמי מים אדירים הנגרים בכוח, או מעמקי הים ושביליו [רד"ק, מצודת ציון, שטיינזלץ]. בעת הזעזוע, המים נבקעו וקרקעית הים נחשפה, וכך יִגָּלוּ מֹסְדוֹת תֵּבֵל – המקומות השפלים והעמוקים ביותר הסמוכים למרכז הארץ [רלב"ג, מצודת דוד]. כל זאת מתרחש בְּגַעֲרַת ה' ובמִנִּשְׁמַת רוּחַ אַפּוֹ, מונחים המתארים בדרך משל את נשיבת פיו של ה' וזעמו כלפי האויבים [מצודת דוד, מצודת ציון, רש"י].
הפרשנים קושרים את התיאור הדרמטי לשורת אירועים היסטוריים ונסים גלויים. הגישה המרכזית רואה כאן רמז לקריעת ים סוף ולבקיעת נהר הירדן. בקיעת הים הייתה כה עוצמתית, עד שבאותו רגע נבקעו כל המימות בעולם והתהומות נחשפו [רש"י, צאינה וראינה, אברבנאל]. יש הקושרים זאת אישית לדוד המלך: דרך נחשון בן עמינדב שקפץ לים סוף, ודרך הצלת לוט ממהפכת סדום (שבה נעקרו הרים ונבקעו מעיינות), נסללה השושלת שהובילה להמלכתו ולמשייתו ממים רבים [אלשיך]. מנגד, יש המפרשים את חשיפת קרקעית הים כתיאור של אסונות טבע קיצוניים, כדוגמת בצורת כבדה ועצירת גשמים המייבשת את הים, כפי שאירע במלחמת המלכים נגד מואב [אברבנאל].
רובד נוסף בפרשנות לוקח את התיאור הפיזי אל מחוזות האלגוריה והנסתר. חשיפת המוסדות ממשילה התרחשויות פוליטיות והיסטוריות בלתי צפויות, שאיש לא העלה בדעתו שיקרו. כך למשל, מותם הפתאומי של שאול, יהונתן ואיש בושת, היו אירועים שהתרחשו בהשגחה אלוהית נסתרת ופינו את הדרך למלכות דוד ללא מאבק ישיר מצדו [רלב"ג, אברבנאל]. בראייה היסטורית רחבה יותר, המוסדות הנגלים בים רומזים גם לייסודה של האימפריה הרומית, שנבנתה כרך גדול על הים בעקבות חטאי ישראל. התיאור מבטא את עליונותו של ה' על פני אלו שכפרו בו וסברו שכוחו מוגבל רק לים, כדוגמת טיטוס שניסה לקרוא תיגר על ההשגחה האלוהית [אהבת יהונתן].
מעניין לציין את ההבדלים הדקים בין שירת דוד המופיעה כאן בספר שמואל, לבין מקבילתה בספר תהלים. בעוד שכאן נכתב בְּגַעֲרַת ה', בתהלים שינה דוד את הנוסח לפנייה ישירה אל ה' וכתב "מִגַּעֲרָתְךָ". השימוש באות מֵ"ם ("מגערתך" במקום "בגערתך") נועד לעדן את התיאור, כדי שלא לייחס לה' פעולה גשמית ישירה של גערה המחריבה את הים, אלא להורות שהים נחרב כתוצאה נמשכת מרצונו [אברבנאל]. הבדלים נוספים קיימים גם ברמת הכתיב, כאשר במסורות מדויקות של המקרא המילה אֲפִקֵי נכתבת חסרת יו"ד והמילה מֹסְדוֹת חסרת וי"ו [מנחת שי].