ציוויו של ה' לגדעון מהווה נקודת תפנית דרמטית, הדורשת ממנו עימות ישיר ומסוכן מול העבודה הזרה המושרשת בתוך משפחתו וקהילתו. המשימה דורשת מגדעון לסכן את חייו למען קידוש השם, מעשה שנועד לקדש את כל גופו ולהכין אותו מבחינה רוחנית לקראת ההנהגה והמלחמה במדיין [אלשיך, חומת אנך]. התגלות לילית זו הייתה נבואה של ממש שהגיעה אליו בחלום, ובה שמע את הקול האלוקי ללא כל דמות [ביאור שטיינזלץ, אברבנאל], וזאת בניגוד לגישה הסבורה שהציווי הועבר אליו דרך נביא אחר [רלב"ג].
הפרשנים דנים בהרחבה בזהותם של הפרים המוזכרים בציווי. לגבי פר השור, רוב הפרשנים מסכימים כי הכפילות הלשונית נועדה להדגיש שמדובר בפר גדול ומובחר שניכר בגודלו [רד"ק, מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ], או בפר צעיר ומובחר [רש"י]. מבחינה רעיונית, הכתוב משתמש במונח זה כדי להדגיש שמדובר בבהמה רגילה בלבד, ובכך לעקור את האלוהות שייחסו לה עובדי האלילים [אלשיך].
לגבי ופר השני, מדובר בפר נוסף [ביאור שטיינזלץ], ויש המפרשים שהיה זה הוולד השני של אותו שור גדול שהיה שייך לאביו [רלב"ג, רד"ק]. הצירוף שבע שנים מצביע על כך שהפר הגיע למלוא גידולו [ביאור שטיינזלץ], ואין גילו הפוסל אותו מלהיות קורבן [חומת אנך]. עם זאת, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילים מתארות פר שפוטם והוקצה במיוחד לצורך קורבן לעבודה זרה במשך שבע שנים רצופות. מספר זה אינו מקרי, שכן הוא מקביל בדיוק לשבע שנות השעבוד של בני ישראל תחת שלטון מדיין [רלב"ג, אברבנאל]. אנשי העיר נדרו להקריב את הפר הזה לבעל ברגע שיושעו מהשעבוד המדייני [מלבי"ם].
עולה השאלה מדוע ה' מצווה על גדעון לקחת שני פרים, כאשר בהמשך מוקרב רק אחד מהם. גישה אחת מסבירה שה' ענה תחילה להתלבטותו של גדעון איזה קורבן להקריב, והורה לו לקחת את פר אביו, ולאחר מכן הוסיף ציווי חדש ומרכזי להקריב דווקא את הפר השני, השייך לאנשי העיר [מלבי"ם]. גישה אחרת מציעה כי לקיחת שני הפרים הייתה תכסיס שנועד להגן על גדעון. הפר הראשון היה של אביו והשני היה הפר הציבורי שהוקדש לבעל. על ידי לקיחת שניהם, כאשר אנשי העיר יגלו שהפר שלהם נעלם, אביו של גדעון יוכל לטעון שגם הפר הפרטי שלו נגנב, וכך יחשבו כולם שמדובר בגנב חיצוני ולא יחשדו בגדעון [אברבנאל].
לאחר לקיחת הפרים, נצטווה גדעון להרוס את מזבח הבעל ולכרות את האשרה, שהייתה עץ מקודש שניטע בסמוך למזבח ושנחשב לאסור בפגיעה על ידי עובדי האלילים [רלב"ג, ביאור שטיינזלץ].
הפרשנים מצביעים על תופעה הלכתית ורוחנית יוצאת דופן בציווי זה. כדי לחזק את אמונתו של גדעון ולקדש את שמו ברבים, ה' התיר לו כהוראת שעה לעבור באותו לילה על שמונה איסורים חמורים. בין היתר, הותר לו להקריב קורבן בלילה, על ידי אדם שאינו כוהן, על גבי מזבח פרטי, תוך שימוש בפר שהוקצה ונעבד לעבודה זרה, והבערת האש באמצעות עצי האשרה האסורים בהנאה [רש"י, רד"ק, אלשיך, אברבנאל].