פעולת המשיחה בשמן היא השלב שבו החומר הופך לקודש. באמצעות שמן המשחה, משה מקדש את המשכן, את הכלים ואת הכהנים, ומכין אותם לעבודת ה׳. על פי המסורת, שמן ייחודי זה נעשה בדרך נס, וקדושתו עתידה להתקיים לעד [אדרת אליהו, מלבי"ם]. משה מרח מעט מן השמן על הַמִּשְׁכָּן וְאֶת כָּל אֲשֶׁר בּוֹ, ובכך וַיְקַדֵּשׁ אֹתָם [ביאור שטיינזלץ, ברכת אשר, The Torah].
סוגיה מרכזית הנידונה בקרב הפרשנים היא סדר הזמנים של המשיחה, שכן קיים פער מסוים בין הציווי בספר שמות לבין התיאור כאן. גישה אחת גורסת כי המילים וַיִּקַּח מֹשֶׁה אֶת שֶׁמֶן הַמִּשְׁחָה מתארות פעולה שכבר התרחשה בעבר. כלומר, משה כבר לקח את השמן ומשח את המשכן עוד לפני שהלביש את אהרן בבגדי הכהונה [אבן עזרא, רד"צ הופמן].
מנגד, פרשנים אחרים סבורים כי סדר הפעולות המתואר בפסוק הוא כרונולוגי ומדויק. לפי גישה זו, משה המתין בכוונה עם משיחת המשכן עד לאחר שהלביש את אהרן בבגדיו. רק אז הוא עצר כדי למשוח את המשכן, ומיד לאחר מכן משח את אהרן עצמו. המטרה בסדר זה היא שאהרן יהיה מוכן ומזומן להיכנס ולעבוד במקדש באותו רגע שבו המשכן מתקדש [רמב"ן, אור החיים]. העובדה שבספר שמות הוזכרה משיחת המשכן לפני הלבשת אהרן, נועדה רק כדי לאגד יחד את כל הדינים הקשורים לאהרן, אך בפועל סדר העבודה היה שונה [רמב"ן, אור החיים]. יש אף שמציינים כי עצם החובה למשוח את המשכן במהלך שבעת ימי המילואים נלמדת ממסורת שבעל פה ומרמזים בפסוקים הקשורים למזבח [העמק דבר].
באשר לאופן המשיחה עצמו, הפרשנים מצביעים על הבדל מהותי בין קידוש הכלים לקידוש הכהנים. כאשר משה משח את הַמִּשְׁכָּן וְאֶת כָּל אֲשֶׁר בּוֹ, הוא עבר ומשח כל כלי וכלי בנפרד. זאת בניגוד לאהרן ובניו, שנמשחו בבת אחת יחד עם בגדיהם, כאשר השמן ירד ונספג בהם [חזקוני, אדרת אליהו, מלבי"ם].