ציווי זה נועד לשמר עדות פיזית למזון הפלאי שניתן במדבר, כדי שישמש סמל והוכחה לדורות הבאים. ההוראה ניתנת לאהרן, שעתיד לשמש ככהן הגדול, ובכך נקשר הנס ההיסטורי אל עבודת המשכן הקבועה.
הפרשנים מסכימים כי מבחינה כרונולוגית, ציווי זה נאמר ובוצע בפועל רק בשנה השנייה לצאת ישראל ממצרים, לאחר שהוקם אוהל מועד וארון הברית הוצב בתוכו [רש"י, רשב"ם, שד"ל]. הסיבה שהדברים נכתבו כאן היא כדי לרכז במקום אחד את כלל העניינים הקשורים לנס המן [רש"י, אבן עזרא]. עם זאת, ישנה דעה ולפיה משה הורה לאהרן לקחת את המן מיד באותו הרגע ולשמור אותו אצלו, ורק בשנה השנייה להניחו בקודש הקודשים [ביאור יש"ר].
באשר לכלי שבו נשמר המן, משה מצווה לקחת צִנְצֶנֶת. מילה זו יחידאית במקרא ואין לה חבר [אבן עזרא, שד"ל]. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בצלוחית העשויה מחרס [רש"י, תולדות יצחק, דעת זקנים], שכן כלי חרס ידועים ביכולתם לשמר דברים לאורך ימים [רבנו בחיי], והם אינם מקבלים טומאה מצידם החיצוני [פרדס יוסף]. הדעה שמדובר בסל נדחית, שכן סלים אינם יכולים לשמר גרגירים קטנים לדורות [שד"ל]. מנגד, יש המזהים את הכלי כעשוי מזכוכית, חומר המונע קלקול טוב יותר מחרס או כסף, ומאפשר לראות את התכולה מבעד לכלי [תורה תמימה]. דעות נוספות מציעות שהכלי היה עשוי מאבן [רש"ר הירש] או מנחושת [אבן עזרא].
כפל האותיות בשורש המילה מצביע על תכונתו של הכלי [גור אריה]. המילה נגזרת משורש המבטא צינה וקור, ומכאן שמדובר בכלי קירור מיוחד. מאחר שחום השמש היה ממיס את המן, הכלי נועד לצנן את תכולתו ולמנוע חדירת חום [רש"ר הירש, רבנו בחיי, גור אריה].
שמירת המן לוותה בנס כפול. ראשית, הכלי עצמו היה קטן במידותיו, אך בדרך פלא הצליח להכיל כמות גדולה של עומר שלם [פרדס יוסף]. שנית, בעוד שמן רגיל היה נמס בשמש או מרקיב אם הושאר ליום המחרת, המן שהונח בצנצנת הופקע מחוקי הטבע. הוענק לו קיום נצחי והוא נשמר ללא כל שינוי או קלקול [רלב"ג, צפנת פענח].
ההוראה להניח את הכלי לִפְנֵי ה' מתייחסת להנחתו בקודש הקודשים, ממש לפני ארון העדות והכרובים, שהרי כל העולם כולו שייך לה' ולכן נדרש ציון מיקום מיוחד [רש"י, שפתי חכמים, קאסוטו]. קשר זה לארון הברית נשמר גם דורות רבים לאחר מכן, וכאשר גנז המלך יאשיהו את הארון, נגנזה עמו גם צנצנת המן [תורה תמימה].
שמירת המן לְמִשְׁמֶרֶת לְדֹרֹתֵיכֶם נושאת משמעות חינוכית ורוחנית עמוקה. הפנייה לאהרן, עוד בטרם נבחר לכהונה, רומזת שכשם שהמן ניתן ללא עמל, כך פרנסתם של הכהנים ותלמידי החכמים העוסקים בתורה מסורה בידי שמים ותסופק להם ברווח [רבנו בחיי, מלבי"ם]. ואכן, מאות שנים מאוחר יותר, כאשר עם ישראל טען בפני הנביא ירמיהו שאין לו פנאי לעסוק בתורה בגלל עול הפרנסה, הוציא ירמיהו את צנצנת המן והראה להם אותה, כהוכחה ניצחת לכך שה' מפרנס את לומדי התורה [רבנו בחיי, תולדות יצחק]. בנוסף, שמירת המן נועדה גם לצרכים משפטיים והיסטוריים, שכן בעזרת המן ביררו בעבר ספקות לגבי יוחסין ושייכות שבטית [פרדס יוסף].